Anwenden der Constraint-Programmierung auf die Sequenzausrichtung/-analyse

Mein Masterprogramm konzentriert sich auf formale Methoden wie SAT-Lösung und Constraint-Programmierung. Ich interessiere mich für die Anwendung solcher Techniken auf Probleme des Sequenzalignments und der Sequenzanalyse, Bereiche, die bisher von statistischen Methoden dominiert wurden.

Können Sie mir also Beispiele für einige Forschungsprobleme nennen, die geeignet sind, als Probleme der Zufriedenheit mit Einschränkungen angegangen zu werden?

Hinweis: Durch Constraint-Programmierung schließe ich auch flexiblere Paradigmen wie gewichtete Constraint-Programmierung ein , bei denen eine Lösung einige der Constraints verletzen kann.

Meinst du Optimierung? In jedem Fall denke ich, dass Sie entweder Ihr Problem klar benennen müssen und was Sie tun möchten. Außerdem ist diese Frage nicht wirklich für dieses Forum geeignet. Sie können dies in CS-SE fragen.
Ich meine ein Problem, das modelliert werden kann, indem eine Reihe von Einschränkungen und Beziehungen zwischen diesen Einschränkungen angegeben werden. Die Optimierung ist ein Sonderfall und bezieht sich eher auf das Problem der gewichteten Einschränkungen (dann optimieren wir für ein minimales Verletzungsgewicht).
Was die Frage zu CS-SE betrifft: Ich bin anderer Meinung, meine Frage bezieht sich nicht auf die Einschränkungsprogrammierung. Es geht darum, welche Probleme in der Bioinformatik (insbesondere Sequenzalignment) als Constraints-Problem angegangen werden können. Die Leute, die das am besten wissen würden, sind Leute, die in der Biologie arbeiten.

Antworten (1)

Lesen Sie zuerst, wie sich lokales und globales Alignment voneinander unterscheiden. Entscheiden Sie sich dann für eine objektive Funktion, dh wie misst man die Ähnlichkeit zwischen zwei Sequenzen? Vielleicht Hamming-Distanz verwenden? Oder Levenshtein-Distanz? Danach kommt der Optimierungsteil wahrscheinlich ganz natürlich heraus.

Achten Sie darauf, die vorhandene Software zu überprüfen. Einfache Sachen wurden schon ausprobiert. (Und übrigens, aus irgendeinem Grund bezeichnen Biologen n-Gramme als k-mere .)

Nun, ich bin mitten in einem Projekt zur Verwendung von HMMs für die Ausrichtung und habe die Grundlagen gelesen. Aber die Probleme, über die ich gelesen habe (Ausrichten zweier Sequenzen für die Funktionsanalyse und Ermöglichen der Nukleotid-Insertion / -Deletion), scheinen nicht für die Modellierung mit Einschränkungen geeignet zu sein. Ich frage also, ob es andere Probleme gibt, die dafür besser geeignet sind.
Das nächste, was ich gesehen habe, das für den Constraints-Ansatz geeignet sein könnte, ist die Verwendung der Transformationsgrammatik für Fernabhängigkeiten. Aber selbst dort bin ich mir nicht sicher, ob es als CSP gerahmt werden kann.
Versuchen Sie, diesen Artikel zu lesen: plosone.org/article/… Irgendwelche Hilfe?
Danke vielleicht. Man muss sich die im Artikel erwähnten Systeme/Tools ansehen, um zu sehen, ob es welche gibt, die auf Beschränkungen basieren (und nicht auf Statistiken) oder zumindest in irgendeiner Weise Beschränkungen enthalten. Wenn ja, dann wäre das ein guter Kandidat dafür Constraints Programmierprojekt.
Anwenden der Constraint-Programmierung auf die Sequenzausrichtung/-analyse
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