Beim NGS (Next Generation Sequencing) wird die zu sequenzierende DNA fragmentiert. Anschließend erfolgt die Anheftung an Beads oder Fließzellen und anschließend wird eine lokalisierte PCR durchgeführt. Modifizierte Basen werden zugegeben und bei Zugabe jeder Base erfolgt ein Nachweis (z. B. durch Fluoreszenz) für den Typ der gebundenen Base. Wie werden nach der vollständigen Sequenzierung aller Fragmente diese Lesevorgänge von Fragmenten so zusammengesetzt, wie sie in der ursprünglichen nicht fragmentierten DNA waren? (kurz: Wie funktioniert die Sequenzmontage? )
Zusammenbau und Ausrichtung werden im Allgemeinen verwendet, um auf zwei verschiedene Algorithmen zu verweisen, die auf zwei verschiedene Arten arbeiten.
Alignment nimmt Ihre Sequenzfragmente und vergleicht sie mit einem Referenzgenom und sagt Ihnen, wo dieser Read ausgerichtet ist und wie genau er ausgerichtet ist. Eine Zeit lang verwendeten populäre Aligner Burrows-Wheeler-Transformationsalgorithmen, um spezielle indizierte Versionen des Genoms zu erstellen, was die Ausrichtung auf den Index viel schneller machte.
Assembly ist, wenn Sie keine Referenz haben und die Überlappung der Lesevorgänge verwenden, um große Contigs zu erstellen. Eine Zeit lang waren De Brujin-Graphen ein beliebter Algorithmus dafür.
skymningen
GefaltetChromatin