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In der Genetik ist das Ka/Ks-Verhältnis (oder ω, dN/dS) das Verhältnis der Anzahl nicht-synonymer Substitutionen pro nicht-synonymer Stelle (Ka) zur Anzahl synonymer Substitutionen pro synonymer Stelle (Ks), die es sein kann wird als Indikator für selektiven Druck verwendet, der auf ein proteinkodierendes Gen wirkt.
Frage:
Gibt es in Python Module/Pakete für die Ka/Ks-Analyse? Ich möchte eine Ka/Ks-Analyse des gesamten Gens durchführen und dann vielleicht eine Ka/Ks-Analyse auf "Codon-Ebene" (dh innerhalb des Gens über ein gleitendes Fenster).
Kennen Sie BioPython ?
Hier , auf einer anderen Website, hat schon jemand diese Frage gestellt und eine ziemlich nette Antwort von Brad Chapman gegeben. Er gibt bereits geschriebene Funktionen, um diese Art von Analyse durchzuführen (ich persönlich habe die Codes nicht ausprobiert).
In Perl gibt es Bio::Align::DNAStatistics. Sie könnten es an Python anpassen.
Dies könnte auch nützlich sein.
Ich denke, es gibt viele Möglichkeiten, die Ihnen geboten werden. Sie können einige andere durchgehen, indem Sie eine Google-Suche mit den Schlüsselwörtern synonymous, non-synonymousund durchführen BioPython.
hallo_da_andy
hallo_da_andy