Kennt jemand eine gute Software zur Erstellung von Tanglegrammen?

Ich versuche, die Beziehungen zwischen Parasiten- und Wirtsstammbäumen zu untersuchen. Ich habe ein bisschen nach Software gesucht, mit der ich das machen kann, und ich habe versucht, Dendroscope und TreeMap zu verwenden, komme aber nicht damit klar.

Ich möchte etwas in der Art produzieren;

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Treemap und Dendroscope sind die einzigen, die ich kenne. Kannst du klein anfangen? Suchen Sie nach Beispielen wie: ib.berkeley.edu/courses/ib200b/ib200b_2009/Labs/… und versuchen Sie, sie durchzuarbeiten.
Ich glaube, ich habe die Komplexität der Sache vielleicht unterschätzt. Dieser Durchlauf ist sehr nützlich, aber es ist das allererste Stadium, mit dem ich zu kämpfen habe. Ich habe zwei Stammbäume (einen Wirt und einen Parasiten). Beide sind im Newick-Format. In diesem Handbuch heißt es: „Diese Datei enthält zwei Bäume, einen für den Wirt und einen für den Parasiten, und eine Beschreibung, welche Wirte mit welchen Parasiten assoziiert sind.“ Ich denke, das Fehlen einer Beschreibung der Assoziation ist das Problem. Ich bin davon ausgegangen, dass die Software die Assoziationen aus den Informationen in den Bäumen entnehmen würde? Ich bin kein Experte!
Wie verwendet man Dendroscope3 zum Erstellen eines phylogenetischen Baums?
Das Wort "Software" ist im Englischen nicht zählbar, kann also den unbestimmten Artikel nicht verwenden. Ich habe dies in der Frage korrigiert.

Antworten (5)

Dendroskop

Mit Dendroscope habe ich die bereitgestellte Beispieldatei geöffnet trees.new. Dies öffnet ein neues Fenster mit 16 Bäumen darin.

  1. Klicken Sie bei gedrückter Umschalttaste auf die ersten beiden Bäume ( Tree1und Tree2).
  2. WählenAlgorithms → Tanglegram...
  3. Dadurch wird das Tanglegramm berechnet und ein neues Fenster geöffnet.

An dieser Stelle bekomme ich:

Tanglegramm

Es gibt nichts Besonderes in der trees.newDatei, nur 16 Newick-Bäume. Es sieht also so aus, als müssten Sie Ihre Bäume nur in derselben Datei haben oder verwendenFile → Add from file.

Ich denke, der schwierige Teil ist, dass Ihre Bäume die gleichen Spitzenetiketten haben müssen, damit sie optimal ausgerichtet werden können. In Ihrem Beispiel müssen also Phalacrocorax pygmaeus und Pectinopygus excornis in der ursprünglichen Nexus-Datei gleich benannt und dann geändert worden sein, um die endgültige Figur zu erzeugen.

Baumkarte 3

TreeMap erfordert einige vorbereitende Einstellungen. Grundsätzlich erstellen Sie eine Nexus-Datei manuell. Mit der 4taxonmatchDatei aus den Beispielen erhalten Sie das Grundlayout. Du hast einen HOSTBlock und einen PARASITEBlock. In jedem davon befindet sich ein TREEBlock, der den Newick-formatierten Baum enthält.

Der RANGEBlock innerhalb des DISTRIBUTIONBlocks enthält die Zuordnungstabelle. Hier pwird auf u, usw. abgebildet. Dies ist die Verbindung zwischen Wirt und Parasit.

#NEXUS
BEGIN HOST; 
TREE * Host1 = (u, (v, (w, x))); 
ENDBLOCK; 

BEGIN PARASITE;
TREE * Para1 = (p, (q, (r, s))); 
ENDBLOCK; 

BEGIN DISTRIBUTION; 
RANGE 
    p: u, 
    q: v, 
    r: w, 
    s: x
; 
END;

Im Gegensatz dazu erhalten Sie direkt den korrekt beschrifteten Baum. Siehe unten.

Tanglegramm 2

Brillant, es waren die Spitzenetiketten in Dendroscope. Ich verstehe jetzt, wie diese funktionieren, danke!

Sie können das R-Paket dendextend ausprobieren . Die Funktion tanglegramkann den Trick machen. Es sind auch mehrere zugehörige Funktionen verfügbar, um Diagramme mit minimalen Verschränkungen zu erhalten, wie z untangle_step_rotate_2side.

Ich muss gestehen, dass ich nichts über Phylogenetik und die damit verbundene Software weiß, aber gemäß der Zusammenfassung dieses Artikels scheint es, dass sie BEAST verwendet haben , um die Koaleszenz von sich gemeinsam entwickelnden Wirten und Parasiten abzubilden.

Auch dieser Artikel ist für Sie wahrscheinlich von höchstem Interesse, da er die Effizienz verschiedener Software zur Erstellung von Tanglegrammen vergleicht

Dann sind wir schon zu zweit! Ich werde versuchen, das Dendoskop unter Berücksichtigung dieses Artikels erneut zu verwenden. Vielen Dank!

Jane 4 (Software für den Kophylogenie-Abgleich) hat einen Tanglegram-Viewer mit einem interaktiven Editor. ( https://www.cs.hmc.edu/~hadas/jane/ )

Ich empfehle Mesquite, mit dem ich Stammbäume erstellt habe. Es gibt einige Feinheiten bei der Verwendung, aber es gibt eine Menge Dokumentation auf seiner Webseite! https://www.mesquiteproject.org/

Kennt jemand eine gute Software zur Erstellung von Tanglegrammen?
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