Ich habe eine Reihe von microRNA-Altern mit entsprechenden Etiketten, die darauf hinweisen, aus welcher Gruppe sie zuerst hervorgegangen sind. Nehmen wir zum Beispiel an, hsa-mir-1 hätte ein Alter von Eutheria. Ich habe mehrere Spitzen in den Verteilungen meines Alters. Eine Idee, die ich hatte, war zu prüfen, ob diese Spitzen mit Zeiten intensiver Spezialisierung übereinstimmen. Zum Beispiel sah die Gruppe Eutheria im Vergleich zu anderen Gruppen eine enorme Diversifizierung der Arten. Ich möchte dies aus einer eher rechnerischen Perspektive bestimmen, anstatt jede Gruppe zu googeln.
Meine Vermutung (da Ihre Frage stark bearbeitet werden muss !!) wäre MiRdup .
MiRdup-Ziele:
Validierung von Prä-miRNAs-Vorhersagen
Vorhersage reifer miRNA
Zusammenfassung: MicroRNAs (miRNAs) sind kurze RNA-Spezies, die von haarnadelbildenden miRNA-Vorläufern (Prä-miRNA) abgeleitet sind und als wichtige posttranskriptionelle Regulatoren fungieren. Die meisten Rechenwerkzeuge, die als miRNA-Prädiktoren bezeichnet werden, sind tatsächlich Prä-miRNA-Prädiktoren und liefern keine Informationen über die mutmaßliche miRNA-Position innerhalb der Prä-miRNA. Sequenz- und Strukturmerkmale, die den Ort der miRNA bestimmen, und das Ausmaß, in dem diese Eigenschaften von Art zu Art variieren, sind kaum bekannt. Wir haben miRdup entwickelt, einen rechnergestützten Prädiktor für die Identifizierung der wahrscheinlichsten miRNA-Position innerhalb einer gegebenen Prä-miRNA oder die Validierung einer Kandidaten-miRNA. MiRdup basiert auf einem Random-Forest-Klassifikator, der mit experimentell validierten miRNAs von miRbase trainiert wurde, mit Merkmalen, die den miRNA-miRNA*-Duplex charakterisieren
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