So führen Sie ein DNA-Strukturalignment in Pymol durch

Wie kann ich zwei DNA-Strukturen mit unterschiedlichen Nukleotidsequenzen in PyMol "einpassen"?

Ich möchte die Struktur eines DNA-bindenden Proteins in PDB (1h9t), das an DNA in der PDB-Datei gebunden ist, verwenden und eine längere DNA, die in Silico gebaut wurde, mit einem 3D-Dart (haddock.science.uu.nl/ dna/dna.php).

Willkommen bei Bio. Vielleicht wäre ein Link hilfreich oder ein paar Hintergrundinformationen zu Ihrem Experiment.
Hallo @Claudio und willkommen bei Bio.SE! Ich habe Ihnen hoffentlich gezeigt, wie Sie DNA in PyMol schnell ausrichten können, aber ich bin mir nicht sicher, ob Sie dies überhaupt für das Andocken von Haddock benötigen.

Antworten (1)

Ausrichtung in PyMol

PDB ID 1h9t enthält eine Struktur sowohl einer DNA als auch eines Proteins. Es beginnt als ein Objekt.

Bevor wir ein Alignment durchführen, müssen wir Ihre DNA vom Protein trennen.

  1. Sequenz anzeigen (klicken Sie auf das S unten rechts).

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

  1. Markieren Sie alle "Reste" der Ketten X und Y (diese Ketten enthalten jeden Strang Ihrer DNA) in der Sequenzleiste oben.

  2. Verwenden Sie die GUI, um die Auswahl in ein neues Objekt zu extrahieren (es ist ein Faff, der dies per Terminal tut, finde ich) .

  3. Benennen Sie das neue Objekt (wahrscheinlich automatisch obj01 genannt) in DNA1 oder was auch immer Sie bevorzugen um.

  4. Laden Sie Ihr neues, nicht ausgerichtetes DNA-Stück (ich habe verwendet fetch 1BNA) .

  5. Pymol verwendet den CEalign- Algorithmus, um Strukturen im 3D-Raum auszurichten. Sie können es mit dem folgenden Befehl aufrufen:

    cealign DNA1, 1BNA, object=aln

Ausgabe:

Geben Sie hier die Bildbeschreibung einEine weitere 3D-Ausrichtungssoftware, die mir sehr gefällt, ist der Dali-Server .

Schellfisch

Schellfisch ist es egal, ob zwei Moleküle vor der Analyse ausgerichtet werden, vorausgesetzt, Sie senden jede DNA separat zusammen mit einem Protein zur Bindungsanalyse. Dies liegt daran, dass es eine Vielzahl von Ausrichtungen ausprobiert. Hier ist eine Liste der Dinge , die Sie an Ihrer PDB tun müssen, bevor Sie sie an HADDOCK senden

Und vergessen Sie nicht (wie ich es getan habe), die Figuren richtig einzufärben und per Raytrace ( ray) zu verfolgen, bevor Sie sie an einer wichtigen Stelle platzieren!
So führen Sie ein DNA-Strukturalignment in Pymol durch
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