Software für die Entwicklung von Genomik-/Bioinformatik-Servern – Open Source

Ich bin in einer Zwickmühle - ich habe nächstes Jahr ein Masterprojekt (Bioinformatik) und muss ein Framework für die Entwicklung einer Website / eines Verarbeitungszentrums / einer allgemeinen Allround-Funktionalität auswählen. Open Source ist ein absolutes Muss .

Kriterien:

  • ziemlich gut aussehen (keine große Priorität)

  • in der Lage, Hochleistungsverarbeitung durchzuführen - dh phylogenetische Analysen durchzuführen/Bäume zu zeichnen -, ist dies extrem rechenintensiv.

  • in der Lage sein, Ad-hoc-Abfragen gegen eine PostgreSQL-Datenbank und/oder Datenbanken im Web unter Verwendung von REST-Schnittstellen durchzuführen.

  • schließlich in der Lage sein, Multi-Server-Arbeiten auszuführen

Ich denke an die Java Ecosphere oder node.js

Ich wäre an Ideen/Meinungen/Referenzen/URLS/was auch immer zu den Vor- und Nachteilen beider Frameworks für eine Allzweck-Webentwicklungsumgebung interessiert, die bei Bedarf hart zuschlagen kann! Ich weiß, dass Java für verarbeitungsintensive Arbeiten verwendet werden kann - aber ich habe gelesen, dass Javascript dafür nicht geeignet ist - gut für die Präsentation, aber nicht schwer. Ändert node.js dies?

Wenn ich etwas lernen muss, würde ich es vorziehen, sowohl server- als auch clientseitig dieselbe Sprache zu verwenden, aber die Verarbeitungsfähigkeiten haben Vorrang!

„hochleistungsfähige Verarbeitung“: Die Art der Verarbeitung, die wochenlang auf einem verteilten Cluster läuft? Wenn ja, wählen Sie besser zuerst ein leistungsstarkes Verarbeitungstool mit einer integrationsfreundlichen Web-Benutzeroberfläche und dann ein Web-Framework, das dies anzeigen kann, beispielsweise als IFrame-Portlet in Liferay.
Könntest du bitte den Titel anpassen? Es ist viel zu allgemein und spiegelt nicht den Kern der Frage wider. Danke! :-)
Bitte ersetzen Sie auch "Allgemeine Allround-Funktionalität" durch konkretere Beispiele.
@NicolasRaoul - habe meine Frage bearbeitet. Ich hoffe das klärt die Sache auf?
Sie möchten, dass die extrem rechenintensiven Aufgaben auf mehreren Rechnern erledigt werden? Oder nur auf dem gleichen Rechner, der auch als Webserver genutzt wird? Alle Webserver haben ein "Timeout" von wenigen Minuten. Dieses Timeout kann konfiguriert werden, aber das Konfigurieren auf Stunden ist oft kein unterstützter Anwendungsfall.
Vielleicht sollte meine Frage eher lauten: Ist Javascript auf node.js für hohe Verarbeitungsanforderungen geeignet? Ich dachte, dass Javascript nicht auf schweres Heben ausgerichtet ist - großartig für die Präsentation, aber nicht für die Verarbeitung. Ich hatte nicht an mehrere Knoten gedacht - es muss ein Ja auf den mehreren Knoten sein - Cloud/Hadoop/Apache Ecosphere natürlich ein großer Teil - danke. Ich habe die Frage entsprechend bearbeitet!

Antworten (1)

Ich würde vorschlagen, sich den Django oder Flask genau anzusehen - beide sind:

  • Python-basiert,
  • Kostenlos, Gratis & Open Source
  • Rapid Prototyping und Entwicklung
  • Plattformübergreifend
  • Haben Sie sehr hilfreiche und aktive Communities
  • Kann sehr gut aussehende Websites erstellen, werfen Sie einen Blick auf Public Broadcasting Service, Instagram, Mozilla, The Washington Times, Disqus, Bitbucket und Nextdoor, die alle auf Django oder Pinterest Flask basieren .
  • Da es auf Python basiert, können Sie den Rest des Python-Ökosystems mit Tools wie SciPy, Pandas, Jupyter, Biopython verwenden und mit ihm interagieren
  • Es gibt eine Fülle von Werkzeugen und Literatur für Bioinformatik und geografische Informationssysteme in Python.
Software für die Entwicklung von Genomik-/Bioinformatik-Servern – Open Source
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