Vollständiges Dimer aus Monomer mit C2-Symmetrie erzeugen?

Ich habe eine PDB-Datei eines Dimers heruntergeladen, aber sie enthält nur das Monomer, und es heißt, dass das Dimer aus der C2-Symmetrie erhalten werden kann. Ein Beispiel finden Sie hier: http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2PJY .

Wie kann ich die PDB für das vollständige Dimer generieren?

Ich bin mit PyMol vertraut, daher wird eine Antwort mit PyMol bevorzugt.

Verwenden Sie SymmDock. Es ist sehr leicht.

Antworten (1)

Dieser Artikel wird wahrscheinlich informativ für Sie sein: Strukturen betrachten: Einführung in biologische Versammlungen und das PDB-Archiv

Die PDB-Datei enthält die asymmetrische Einheit, die in einer bestimmten kristallographischen Studie gefunden wurde. Die biologische Anordnung ist die Quartärstruktur, von der bekannt ist oder vorhergesagt wird, dass sie in lebenden Systemen gefunden wird. Für viele Proteine ​​(aber nicht 2PJY) kann die biologische Anordnung direkt von RCSB heruntergeladen werden. Für andere Proteine ​​kann die PDB-Datei die Transformationsmatrix enthalten, die verwendet wird, um die biologische Anordnung aus der asymmetrischen Einheit zu erzeugen. Wenn Sie sich die Datei in einem Texteditor ansehen , finden Sie diese Informationen unter Bemerkung 350:

REMARK 350 BIOMOLECULE: 1                                                       
REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: HEXAMERIC                         
REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: HEXAMERIC                  
REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA                                                  
REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 8880 ANGSTROM**2                          
REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B, C                               
REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT1   2  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT2   2  0.000000 -1.000000  0.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT3   2  0.000000  0.000000 -1.000000        0.00000

Beachten Sie, dass die tatsächliche biologische Anordnung von 2PJY ein Hexamer und die asymmetrische Einheit in der PDB-Datei ein Trimer ist. Sie können sehen, dass die erste Matrix identisch ist (dh die ursprüngliche asymmetrische Einheit behält). Die zweite Matrix transformiert die asymmetrische Einheit, um das vollständige Hexamer zu erzeugen. Diese Matrix wird sowohl vom Autor als auch von PISA vorhergesagt. Sie können tatsächlich auf die PISA-Website gehen und sie den biologischen Zusammenbau einer bestimmten PDB-Datei vorhersagen lassen, und sie spuckt die Koordinaten des Hexamers (und anderer vorhergesagter Zusammenbauten) aus, die Sie dann in PyMOL laden können.

PDB-Dateien können auch einen CRYST1-Datensatz enthalten , der Informationen über die Einheitszelle und die Raumgruppe des Kristalls enthält. Über den Befehl symexp kann PyMOL diese Informationen verwenden, um benachbarte asymmetrische Einheiten neu zu erstellen. Durch Begrenzen der Cut-off-Distanz (und dies erfordert Trial-and-Error) kann die biologische Anordnung neu erstellt werden. Dieses Skript generiert beispielsweise das Hexamer:

fetch 2PJY
symexp 2PJY, 2PJY, 2PJY, 2.5
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