Was ist die transmembrane „Positive-Inside-Regel“ heutzutage? Hat sich die Definition im Laufe der Zeit geändert?

Erste Definition.

Zwei Veröffentlichungen von Heijne in den Jahren 1989 und 1992 prägten die „Positive-Inside-Regel“ und zeigten ihren praktischen Wert bei der Topologievorhersage von Transmembranhelices. Es wurde klar definiert und nachgewiesen, dass bei Bakterien die positiv geladenen Reste häufiger auf der "Innenseite" einer Membran gefunden wurden (eher im Zytoplasma als im Periplasma).

Neuere Literatur.

Es scheint jedoch, dass sich das Gebiet von der Idee „innerhalb des Kompartiments“ hin zu „innerhalb des Zytoplasmas“ bewegt hat, als mehr Daten verfügbar wurden. In einer Übersicht aus dem Jahr 2006 beschreibt sogar von Heijne einige Transmembranhelices als an die positive innere Regel gebunden, da ihre positiv geladenen Reste im Zytoplasma waren, obwohl sie nie ausdrücklich von der ursprünglichen Definition zurückgehen. Eine ähnliche Übersicht von Heijne aus dem Jahr 2007 bietet eine definitivere Verfeinerung der Regel, entfernt jedoch das Konzept von der Anwendbarkeit auf subzelluläre Membranen.

...die Schleifen, die die Helices verbinden, unterscheiden sich in der Aminosäurezusammensetzung, je nachdem, ob sie zur Innenseite oder zur Außenseite der Zelle zeigen (die „Positiv-Inside“-Regel).

Wir sind jetzt mit einer unangenehmen Regel konfrontiert, die Proteine ​​an anderer Stelle im sekretorischen Weg oder in den anderen Organellen nicht berücksichtigt. Alle diese Proteine ​​befinden sich in der Zelle.

Noch jüngere groß angelegte Analysen von Transmembranhelices von verschiedenen biologischen Membranoberflächen, Sharpe et al., 2010 und Baeza-Delgado et al., 2013 , zeigen, dass die Ansammlung positiver Ladung zytosolisch ist, anstatt sie im Hinblick auf das Innere zu diskutieren das Fach. Beide Papiere sagen immer noch, dass sie die positive Insider-Regel bestätigen.

Frage.

Mir scheint, dass die Definition etwas schlampig ist und allgemein verwendet werden kann, um "im Zytoplasma" zu sagen, obwohl Veröffentlichungen zögern, die Regel klar zu definieren. Wurde die Definition jemals ausdrücklich geändert oder hat das Feld stillschweigend geändert, was „innen“ bedeutet? ... oder habe ich etwas komplett falsch interpretiert? Wie passen die Organellen in eine dieser Definitionen?