Ich möchte die Gattungen als Ganzes im Tierreich betrachten, um den Größenbereich der Gattungen zu bestimmen. Ich habe den Artenreichtum und die genetische Vielfalt (paarweise Distanz von Sequenzdatensätzen) untersucht, aber ich suche nach mehr Wegen, um zu untersuchen, wie groß eine Gattung ist? in Sachen Biodiversität. Irgendwelche Ideen oder Kommentare werden sehr geschätzt!
In Anbetracht dessen, dass die Informationen zwangsläufig unvollständig sind (ebenso wie die Liste der vorhandenen Arten), könnten Sie die Taxonomie- Datenbank des NCBI verwenden. Wenn Sie beispielsweise die Seite für die Gattung Drosophila überprüfen , erhalten Sie eine Vorstellung von ihrer Größe.
Für genauere Zahlen können Sie die taxdump.tar.gzDatei vom FTP-Server von NCBI herunterladen ( Link ), extrahieren und das folgende Skript auf der Datei ausführen nodes.dmp(ein Dump der Datenbankinformationen).
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Getopt::Std;
my (%opts,%children,%ranks);
getopts('t:',\%opts) || do { print STDERR "Invalid option"; exit(1); };
my $taxid=$opts{t}||die "Need a taxid: -t\n";
sub getchildren{
my $p=shift; ## The taxid of interest
my $found=0; ## will be 0 unless we find a new kid
## For each child of this taxid
foreach my $kid (keys%{$children{$p}}){
## Get the kid's kids
foreach my $gkid (keys%{$children{$kid}}){
## If this one hasn't been seen before
unless (defined($children{$p}{$gkid})) {
## Add it to the list of this taxid's children
$children{$p}{$gkid}++;
## We found a new one, we need to test again.
$found=1;
}
}
}
## If we found a new one, run again
getchildren($p) if $found==1;
}
while (<>) {
## Remove trailing newlines
chomp;
## Parse the current line
my ($name,$parent,$rank,$rest)=split(/\s*\|\s*/);
## Save the current taxid as a child of its parent
$children{$parent}{$name}++;
## Save its rank (species, genus, order etc)
$ranks{$name}=$rank;
}
## Recursively get all children of this taxid
getchildren($taxid);
# Count only species as children
my @kids=grep($ranks{$_} eq "species", keys(%{$children{$taxid}}));
# Print out the results
printf "Genus %s has %s members\n", $taxid, scalar(@kids);
Angenommen, Sie befinden sich in einer * nix -Umgebung oder haben Zugriff darauf, speichern Sie diese Datei unter genus.plund führen Sie sie auf der nodes.dmp. Geben Sie das Taxid Ihrer interessierenden Gattung an:
perl genus.pl -t 9257 nodes.dmp
Die Ausgabe des obigen Beispiels (Ornithorhynchus) ist:
$ perl genus.pl -t 9257 nodes.dmp
Genus 9257 has 1 members
Wenn wir Drosophila anprobieren, bekommen wir:
$ perl genus.pl -t 7215 nodes.dmp
Genus 7215 has 738 members
Dies ist wirklich nicht der effizienteste Weg, dies zu tun (viel besser, dies im Skript selbst zu tun, aber ich habe jetzt keine Zeit, das zu implementieren), aber wenn es Ihnen nichts ausmacht zu warten, erhalten Sie die Zahlen für alle Gattungen:
for i in $(grep -w genus nodes.dmp | awk '{print $1}'); do
perl genus.pl -t $i nodes.dmp;
done
Gattungsgrößen werden normalerweise in der Anzahl der Arten gemessen, da eine bestimmte Art unter einer einzigen taxonomischen Autorität nicht in mehr als einer Gattung gefunden werden sollte. In Strand und Panova, 2014, finden Sie einige Zahlen zur Anzahl der Arten, die in jeder Gattung im Durchschnitt über mehrere tausend Gattungen aus acht großen taxonomischen Gruppen gefunden werden.
amymoshi
Dateiunterwasser