Wie kann ich mehr als 2 Sequenzen lokal ausrichten?

ClustalW und Omega von EBI und Blast von NCBI richten beide Sequenzen global aus. Smith Waterman von EBI richtet Sequenzen lokal aus, arbeitet aber mit nur zwei Sequenzen. Wie kann ich mehr als 2 Sequenzen lokal ausrichten?

Antworten (3)

Sie müssen es paarweise tun (es gibt keine andere Option).

Sie können das mit BLASToder sogar SSEARCH(Smith-Watermann) tun. Wenn Sie eine fastaDatei Ihrer Sequenzen haben, gehen Sie folgendermaßen vor:

  • Machen Sie einen Index Ihrer Sequenzen mitmakeblastdb -dbtype nucl -in <yourfastafile> -out <yourdbindex>
  • Führen Sie BLASTmit Ihrer <yourfastafile>als Eingabe und <yourdbindex>als Datenbank mit den gewünschten Parametern aus. Dadurch wird ein paarweises Alignment zwischen allen Sequenzen durchgeführt

Eine ähnliche Strategie kann für verwendet werden SSEARCH.

Ich verwende nur GUI-basierte Software und Websites. Was sind das für Codes?
blast@StackUnderFlow Dies ist der Befehl, der in der Befehlszeile (UNIX-Terminal oder Windows-Eingabeaufforderung) ausgeführt werden muss . blasthat keine GUI oder selbst wenn es eine gibt, habe ich sie nie benutzt. Es ist viel besser, Befehle zu schreiben (es spart RAM und ermöglicht Ihnen auch etwas Automatisierung)
Die verschiedenen webbasierten BLAST-Tools sind im Grunde eine GUI für BLAST.
@terdon Ohh ja, das stimmt, aber sie geben nicht viel Kontrolle.
Mehr als Sie vielleicht denken. Mit der NCBI-Explosion können Sie Dinge wie E-Wert, Gap-Penalty, Match/Mismatch-Scores und Filterung mit geringer Komplexität festlegen. Das ist mehr als genug für 99 % der Anwendungen.

Even Water (in EBI selbst) ist ein lokales Alignment-Tool für multiples Sequenz-Alignment. Auch in BLAST erhalten Sie bla2seq, das auch für die paarweise Ausrichtung verwendet wird. In jedem dieser Tools müssen Sie nur FASTA-Sequenzen (beliebige Nummer) oder eine beliebige Sequenz mit > Zeichen eingeben und gegen das Subjekt (Datenbank oder Ihre erforderliche Sequenz) ausführen. Wenn Sie die Ergebnisse für alle Ausrichtungen auf einem Bildschirm sehen möchten, wäre ein Tool wie BioEdit ideal. Ich hoffe, das ist hilfreich, ich bin kein Experte für Bioinformatik, also fühl dich frei, mich zu korrigieren :)

Danke, aber diese Tools sind für die paarweise Ausrichtung vorgesehen, aber ich brauche ein Mehrfachausrichtungstool, das Sequenzen lokal ausrichtet

Ich benutze Jalview, das ist ein kleines Programm, das in Java geschrieben ist. Es ist einfach zu bedienen und kann viele, viele Dinge tun. Es basiert auf Webdiensten und verfügt über 7 verschiedene Dienste, die nur für die Sequenzausrichtung eingebaut sind. Sie können Ihre Sequenzen aus vielen Dateiformaten laden oder sie per Referenz-ID abrufen. Es ist wirklich ein kleines Schweizer Taschenmesser. Ich empfehle wirklich einen Blick darauf zu werfen. Es ist auf http://www.jalview.org/ verfügbar .

BEARBEITEN:

Ich habe den Teil zur lokalen Ausrichtung vielleicht früher übersehen, aber ich habe ein wenig recherchiert und festgestellt, dass MULAN (MUltiple sequence Local Alignment and Conservation Visualization Tool) möglicherweise das ist, wonach Sie suchen.

PMC- Artikel von Mulan und das Handbuch für Mulan.

Danke und wo ist Multiple Local Align in Jalview?
@StackUnderFlow Jalview hat möglicherweise nicht das, was Sie brauchen, aber ich habe meine Antwort bearbeitet und Mulan gefunden, das Ihren Anforderungen entsprechen könnte.
jalviewist nicht für lokale Ausrichtungen.
Ja, ich weiß, deshalb habe ich meine Antwort bearbeitet, aber vielleicht werde ich diesen Teil löschen, damit er nicht irreführend ist.
Wie kann ich mehr als 2 Sequenzen lokal ausrichten?
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