Wo finde ich E.coli-Genexpressionsdaten?

Ich suche E.coli- Gesamtgenom-Expressionsdaten unter verschiedenen Bedingungen, jeder Vorschlag ist willkommen. Bedingung könnte zum Beispiel unterschiedliche Wachstumstemperatur, unterschiedliche Medien usw. sein. Ich habe GEO ausprobiert, aber es gibt nur eine Liste und man sollte alle Seiten und Proben einzeln lesen, um zu sehen, welche Bedingungen verwendet wurden.

Was meinst du mit "anderer Zustand"? GEO ist eine Datenbank, die Genexpressionsdaten enthält, also ist es nicht der richtige Ort, um nach ganzen Genomen zu suchen. Wenn Sie stattdessen nach Genexpressionsdaten suchen, passen Sie bitte Ihre Frage an. Informationen über verschiedene vollständige E.coli- Genome finden Sie hier
@Chris Ich habe meine Frage geändert
Suchen Sie nach etwas, das Ihnen eine Liste darüber gibt, welche Gene unter bestimmten Bedingungen exprimiert werden?
Sie können eine automatisierte GEO-Abfrage ausführen und GEO-Zugangsnummern für diejenigen abrufen, die Ihren Schlüsselwörtern entsprechen.
Wenn Sie an Sequenzierungsdaten interessiert sind, suchen Sie nach NCBI-SRA
@WYSIWYG kannst du mir bitte ein Beispiel geben, wie man es ausführt und wie man sie bekommt?
@Nemo siehe hier . Sie müssen eine Suche basierend auf Ihren Schlüsselwörtern erstellen und die Datenbank erwähnen. Dann müssen Sie die abgerufene Liste von Informationen durchsuchen, um auszuwählen, welche Sie tatsächlich benötigen. Sie können dann die diesen Experimenten entsprechenden Daten auf ähnliche Weise herunterladen. Sehen Sie dies auch. Wenn Sie diesbezüglich konkrete Zweifel haben, stellen Sie diese als neue Fragen.

Antworten (1)

Es gibt einige Datenbanken, in denen Sie nach E.coli- Genexpressionsdaten suchen können:

Um den Zweck und die Bedingungen der Experimente hinter diesen Datensätzen zu erfahren, müssen Sie die entsprechenden Veröffentlichungen lesen.

Können Sie bitte einige Beispielpapiere posten, die für E. coli-Genexpressionsdaten erstellt wurden, falls Ihnen welche bekannt sind
Wo finde ich E.coli-Genexpressionsdaten?
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