Zunächst muss ich sagen, dass ich keinen biologischen Hintergrund habe, da ich Informatikstudent bin. Heutzutage muss ich für meine Forschung einige der Datenbanken mit Bezug zur Bioinformatik ( modENCODEund NCBI-GEO) verwenden. Derzeit suche ich nach RNA-Seq-Daten und habe die folgende auf der modENCODE-Website gefunden, die in der NCBI-GEO-Datenbank gespeichert ist. RNA-Seq-Daten
Im Beschreibungsteil davon steht geschrieben:
Synchronisierte L1-Würmer, die bei 25 °C für etwa 91 Stunden bis zu einem Punkt kultiviert wurden, an dem ~ 100 % der Würmer gegen eine Behandlung mit 1 % SDS resistent sind. Illumina-Sequenzierung von C. elegans dauer daf-2(el370) Probe 2-1 DauerDAF2-2-1 polyA+ RNAseq Random Fragment Library Diese Probe ist über modENCODE DCC (www.modencode.org) erhältlich als: DauerDAF2-2-1 Local Bibliotheksname: DauerDAF2-2-1 Qualitätswerte sind ASCII-codiert Phred + 33.
In Bezug auf diesen Absatz möchte ich fragen, was ist C. elegans dauer daf-2(el370). Ich habe im Internet gesucht und festgestellt, dass das dauereine Art Entwicklungsstadium von C. elegans ist . Ich konnte jedoch keine Informationen über den daf-2(el370)Teil finden (eigentlich fand ich nur, dass daf-2 der Name eines Gens von C. elegans ist ). Tatsächlich geht es mir in erster Linie darum, ob diese RNA-Seq-Daten das gesamte Transkriptom von C. elegans oder nur mRNAs enthalten, die mit dem daf-2-Gen verwandt sind.
Hast du wormbase schon entdeckt? Es wird Ihr neuer bester Freund. Bei Würmern spiegeln die Gennamen den Loss-of-Function (lf)-Phänotyp wider. Daf bedeutet „abnormale DAuer-Formation“, also war daf-2 das zweite identifizierte daf-Gen ( Ref .). Die Mutationen werden Allele genannt und jedes Wurmlabor hat seine eigene Allelbezeichnung. e war für England und in der Stammliste dieses Labors war das daf-2- Allel das 1.370ste auf ihrer Liste. Die Bezeichnung daf-2(e1370) bedeutet also , dass der Stamm eine lf-Mutation im daf-2- Gen trägt und das spezifische Allel eines ist, das in Cambridge, Großbritannien, isoliert wurde. Ich glaube, dass das Allel temperaturempfindlich ist ( ts) dauerkonstitutiv. Also bei 25⁰C waren 100% der Tiere Dauersauer. Damals haben sie RNA geerntet. Es ist das gesamte Transkriptom. Es hört sich so an, als wären Sie mit modENCODE Data Warehouse vertraut . Sie können weiterhin Fragen zu modENCODE-Datensätzen unter help@modencode.org stellen . Während das modENCODE-Datenkoordinierungszentrum am Ende der NIH-Finanzierungsperiode eingemottet wurde, gibt es ein paar Leute, die immer noch Anfragen wie Ihre an den Helpdesk stellen. Außerdem hat das neue ENCODE DCC die Pflege der archivierten modENCODE-Metadaten übernommen.
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