Ich habe eine Liste unterschiedlich exprimierter Gene aus einem RNA-Seq-Experiment in Xenopus laevis , die ich funktionell mit GO-Begriffen annotieren möchte. Da X.laevis nicht in DAVID aufgeführt ist, habe ich anscheinend 2 Möglichkeiten:
Ich habe es kürzlich mit Blast2GO versucht, aber festgestellt, dass es sehr langsam ist und im Allgemeinen fehlt - hat jemand Erfahrung mit GO in Xenopus oder anderen Nicht-Modellorganismen?
Ich habe eine funktionale Anmerkung eines Nicht-Modells gemacht und Blast2Go mit guten Ergebnissen verwendet.
Insbesondere habe ich alle meine Proteine genommen und die nicht redundante (nr) Proteindatenbank des NCBI mit mpiBLAST erneut abgefragt , dann habe ich diese Ausgabe mit Blast2GO (B2G4PIPE) und einer lokalen B2G-Datenbank analysiert.
blast2go steht kurz vor der Kommerzialisierung (da sie begonnen haben, PRO-Versionen zu verkaufen) und meine bisherigen Erfahrungen damit waren nicht so gut.
Ich habe IntrProScan verwendet, um GO-Begriffe mit den Transkripten zu verknüpfen, es lief lange, aber es meldete alle möglichen Sequenzmerkmale.
Die Verwendung dieser benutzerdefinierten Anmerkungen war für die Visualisierung schwierig, aber dank BiNGO konnte ich es fehlerfrei tun. Für die zukünftige Verwendung habe ich es hier dokumentiert, http://infoplatter.blogspot.in/2014/04/gene-ontology-go-enrichment-analysis-in.html
Viel Glück!!
Lukas