Im Allgemeinen führen die meisten Forscher bei der miRNA-Vorhersage eine Blast-Suche mit einer Reihe von miRNAs durch, die von miRBase mit den erforderlichen Parametern heruntergeladen wurden. Später werden normalerweise benutzerdefinierte Methoden verwendet, um einen Bereich um den Übereinstimmungsbereich herum für die Strukturvorhersage zu erhalten.
In einer Veröffentlichung fand ich heraus, dass ~70 flankierende nt des Übereinstimmungsbereichs als Prä-miRNA für die Strukturanalyse verwendet wurden, während in dieser Veröffentlichung ungefähr 100 flankierende nt des Übereinstimmungsbereichs für die Prä-miRNA-Strukturvorhersage verwendet wurden. Irgendeine Idee, warum das so ist?
Es gibt keine feste Regel dafür, wie viele Nukleotide Sie auswählen müssen. Wenn Ihre miRNA ~20nt ist und Sie 70nt von beiden Seiten nehmen (die durchschnittliche Länge der Haarnadeln beträgt ~84nt beim Menschen), beträgt Ihre Gesamtlänge 160nt. Der Punkt des Nehmens ist, dass Sie nicht wissen, ob Ihr Read -3p oder -5p ist. Nehmen Sie also 70nt von beiden Seiten.
Die maximale Länge einer menschlichen miRNA-Haarnadel beträgt 180 nt für mir-3648 (90 nt pro halbe Haarnadel). In solchen Fällen können Sie mehr flankierende Reste nehmen. Aber diese Fälle sind selten.