RNA-Sekundärstrukturvergleich

Kennen Sie ein Programm, das zwei und mehr verschiedene RNA-Sekundärstrukturen vergleichen kann? Ich muss einige (Un)ähnlichkeiten zwischen vielen vorhergesagten Sekundärstrukturen finden. Und erstellen Sie vielleicht gemeinsame Sek. Struktur/Form.

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Sie können R-Coffee aus der T-Coffee-Tool-Suite verwenden. Im Allgemeinen sind die *Kaffee-Tools ausgezeichnet und funktionieren sehr gut, wenn Sie die Selbstbesessenheit ihres Autors überwinden können 1 . R-Coffee kann RNA-Sequenzen unter Berücksichtigung von Strukturinformationen ausrichten:

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1 Der Typ fügt tatsächlich seinen Namen zur Ausgabe all seiner Programme hinzu! Im Ernst, das tut er. Abgesehen davon, dass es einfach lächerlich ist, wirkt sich dies auch auf andere Programme aus, an die Sie Ihre Daten möglicherweise weiterleiten möchten. Zum Beispiel wollte ich t-Coffee-Alignments an einen Alignment-Viewer weiterleiten und musste seinen Effing-Namen analysieren, um dies tun zu können.

Ich habe mich über Ihre Bemerkung amüsiert - aber so wie ich das sehe, müssten Sie nur die zweite Textzeile löschen.
@Superbest ja, reicht das nicht? Die Standardausgabe von t-coffee ist im Clustal-Format, einem standardmäßigen und weit verbreiteten Format für Alignments. Aufgrund der Wichtigkeit des Autors musste ich die Ausgabe bearbeiten, um seinen Namen zu entfernen, bevor ich die Ausrichtung in einem anderen Programm anzeigen konnte. Nur weil der Typ es mag, seinen Namen überall geschrieben zu sehen.

gibt es eine Reihe von Tools im Wiener Paket (RNAalifold, RNALalifold): http://www.tbi.univie.ac.at/~ronny/RNA/index.html einige andere Tools sind von der Univ. Freiburg erhältlich. wie: LocARNA oder CARNA ( http://rna.informatik.uni-freiburg.de/CARNA/Input.jsp )

RNA-Sekundärstrukturvergleich
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