Interpretation der Ergebnisse der mFOLD-Vorhersage

Ich versuche, die Sekundärstruktur bestimmter vorhergesagter Prä-miRNAs durch mFOLD vorherzusagen, was in den meisten Studien die allgemein akzeptierte Technik zur Strukturvorhersage ist. Es fällt mir schwer, das Ergebnis zu interpretieren und zu akzeptieren, ob die von mir ausgewählte Prä-miRNA und die miRNA, die ich habe, akzeptiert und in mein Ergebnis aufgenommen werden können.

Dies ist eine vorhergesagte Prä-miRNA-Struktur, wobei die vorhergesagte miRNA-Position grün dargestellt ist.Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Ist das eine gute/schlechte Struktur und wenn ja, kann mir jemand einen Grund dafür nennen. Danke schön.

Bearbeiten: Ich verstehe, dass Energieniveaus auch etwas sind, nach dem in der Vorhersage gesucht wird. In dieser speziellen Abbildung ist ΔG = -75,00 kcal/mol, was meiner Meinung nach in Ordnung ist.

Die zum Falten verwendete Sequenz ist

AAAAATAAAAAACAGAACCATGAGGCAGCGCACCAAGAGCGTCGTGAACGTCCGCGAATA CTTCCGCATGGACGGCAGTGGCGCCCCCGAGCAGGAGGACGACGATGACAACGATGACTG GATGGCCATCGCCATGCAGGGCGCACCGCGTAAGGTCAGCGTGGAAGTCGTTAAGCCTGG CAAGAAGGCACGCGCTCGTACGTCGACGTGTGACTCAC

und der hervorgehobene Übereinstimmungsbereich ist

ACGATGACAACGATGAC

Diese Struktur sollte also in Ordnung sein, da die Sequenz entlang einer Stamm-Schleifen-Struktur liegt.Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Ich mache mir jedoch Sorgen um diese Ausbuchtung in der linken oberen Ecke. Das hat keinen Einfluss auf die Vorhersagbarkeit dieser Struktur, oder?

Als nicht spezialisierter Leser frage ich mich, wenn Sie sagen, dass mMFOLD eine „Technik“ ist, wenn Sie damit Software meinen?
@Daniel Yup Software
Kann ich mehr über die Einstellungen dieser Vorhersage erfahren? Temperatur, Ionenstärke, Molarität etc? Sie könnten den Link zu den Jobergebnissen auf dem mfold-Server posten, damit ich die Wahrscheinlichkeit dieser Struktur besser einschätzen kann.
@alec_djinn Ich habe dieses Projekt hinter mir gelassen, aber ich bleibe im Allgemeinen bei den Standardparametern für die Vorhersage. Das Papier mit dem Titel „Bioinformatic Discovery of microRNA Precursors from Human ESTs and Introns“ gab mir eine Richtlinie zur Identifizierung eines brauchbaren Vorläufers, der ich derzeit folge. Aber es wäre natürlich hilfreich zu wissen, wie die Vorhersage gemacht wird. Ich werde mich beim nächsten Mal, wenn ich eine Vorläufervorhersage mache, mit Ihnen in Verbindung setzen und Ihnen einen Link geben. Danke schön.

Antworten (1)

Die grüne Region wird definitiv keine miRNA bilden: Sie ist kein Teil einer Stammschleife. Siehe typische miRNA-Strukturen von miRbase.

BEARBEITEN

Ausbuchtungen können manchmal bestimmen, welcher Strang als reife miRNA ausgewählt wird. Es ist jedoch auch unwahrscheinlich, dass diese grüne Region miRNA bildet, da der Stamm nur 15 bp lang ist.

Bitte schauen Sie sich die Bearbeitung der Frage an.
Ich wusste nicht, ob ich das als separate Frage stellen sollte, also poste ich es als Kommentar. In einem Artikel ( bioinformatics.oxfordjournals.org/content/21/18/3610.abstract ) fand ich heraus, dass ~70 nt des übereinstimmenden flankierenden Bereichs als prä-miRNA angesehen wurden, während in diesem Artikel ( hindawi.com/journals/ijg/ 2012/957607 ) ~ 100 flankierende nt des Übereinstimmungsbereichs wurden für die Prä-miRNA-Strukturvorhersage verwendet. Irgendeine Idee, warum das so ist?
keine ahnung.. am besten nehmen sie 60-70 nt von beiden seiten (da sie noch nicht wissen ob ihr read bei -3p oder -5p liegt). Ich schlage vor, dass Sie einen maschinellen Lernalgorithmus verwenden, um die richtige miRNA-Struktur vorherzusagen. Zufälligerweise arbeitete eine Freundin von mir an einem ähnlichen Problem und sprach mit mir darüber (für einen Moment dachte ich, Sie und sie wären dieselben Leute :P ). Ich werde Sie wissen lassen, wenn wir Fortschritte machen.
Ich werde es dann als Frage posten, um zu sehen, ob jemand anderes etwas Licht auf das Problem werfen kann.
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