Ich versuche, die Sekundär- und 3-D-Struktur des Proteins für die Sequenz [Q1NN20] vorherzusagen, und brauche etwas Hilfe, um den Stein ins Rollen zu bringen.
Ich bin verwirrt darüber, wie und wann ich Jpred, Swiss-Mod und PDB verwenden soll. Bisher habe ich die Sequenz von scanprosite bekommen, in swiss-mod eingefügt, aber was nun? Wann kommt jpred ins Spiel?
Verwenden Sie die PDB , um Strukturen zu identifizieren, die der gefundenen ähnlich sind (Sie können BLAST verwenden , um die PDB zu durchsuchen). Eine Übereinstimmung von 30 % oder mehr ist normalerweise akzeptabel, und mehrere Ausrichtungen sind natürlich bei niedrigeren Übereinstimmungswerten nützlich. Wenn Strukturen vorhanden sind, die ähnlich genug sind, können Sie die Homologiemodellierung verwenden, um eine 3D-Struktur zu generieren (das macht der SWISS-MODEL-Server, und ich denke, er automatisiert die BLAST-Alignments von PDB). Wenn es keine ähnlichen Strukturen gibt, können Sie auf Ab-initio- Modellierung zurückgreifen, wenn Sie über einen einigermaßen einfachen globulären Bereich verfügen, andernfalls müssen Sie möglicherweise zusätzliches Fachwissen hinzuziehen.
Es gibt so viele spezifische Faktoren, die bei einem Projekt wie diesem berücksichtigt werden müssen. Je nachdem, wofür das Modell verwendet werden soll, sind unterschiedliche Fragestellungen relevant.
Sie benötigen ein paar verschiedene Sekundärstruktur-Prädiktoren, um es überzeugend zu machen, und dann müssen Sie überprüfen, ob Ihr Sekundärkonsens mit Ihrer 3D-Struktur übereinstimmt. Wenn sie nicht übereinstimmen, müssen Sie über "Warum nicht?" nachdenken.
Wenn es einen Unterschied gibt, weist dies normalerweise darauf hin, dass eine 3D-Wechselwirkung an der Faltung beteiligt ist, sodass Ihr 3D-Modell normalerweise die Vorhersagen der Sequenzstruktur übertrumpft , aber überprüfen Sie Ihre 3D-Struktur mit den Vorhersagen der Sekundärstruktur.
Die Vorhersage der Sekundärstruktur ist nützlicher, wenn keine 3D-Struktur verfügbar ist und die Modellierung einer solchen keine Option ist.
Das Schweizer Modell ist ein Online-Tool zur Modellierung der Tertiär- und Quartärstruktur von Proteinen unter Verwendung evolutionärer Informationen. J-Pred und Swiss Model sind beide ziemlich einfache Werkzeuge, die nur die Sequenz erfordern. Das Schweizer Modell erfordert die Suche nach einer Vorlage, auf deren Grundlage das Protein weiter modelliert wird. J=pred wird ausschließlich zur Vorhersage der Sekundärstruktur verwendet.
James