Server zur Proteinstrukturvorhersage für mehrere Sequenzen

Hat jemand eine Ahnung von einem Online-Server, der mehrere Aminosäuresequenzen im Fasta-Format aufnimmt und die 3D-Struktur der eingegebenen Aminosäuresequenzen in Form von Helix, Blatt und Spule ausgibt? Ich habe gesucht, aber keine gefunden. Es gibt Server, die 1 Sequenz aufnehmen. Ich möchte die Struktur mehrerer Sequenzen zusammen bekommen ...

Warum wollen Sie mehrere Sequenzen zusammen? Was ist das Problem daran, eins nach dem anderen zu machen? Gibt es einen zusätzlichen Aspekt, der in der Frage nicht offensichtlich ist?
Die Anzahl der Proteine ​​ist riesig, also wollte ich wissen, ob es eine Website gibt, die eine Batch-Verarbeitung erlaubt
Ich bin mir sicher, dass es eine API geben würde. Was ist der Server, den Sie verwenden? Hast du sein Handbuch überprüft? Sie können auch ein Skript schreiben, das einzelne Übermittlungen und Abrufe durchführen kann.
Auch wenn Sie viele Daten haben, sollten Sie ein Programm bekommen und keine Zeit mit dem Server verschwenden.
@Mithoron mit dieser Art von Daten und Berechnungen ist das leichter gesagt als getan
@Maljam Welche Art? Es ist nicht so, dass OP ausdrücklich darum bittet, eine native Struktur mit 100% Genauigkeit zu erhalten

Antworten (2)

Leider ist es unmöglich, die Tertiärstruktur von Proteinen anhand der rohen Aminosäuresequenz vorherzusagen. Die Informationen, die bei der Konstruktion der dynamischen Proteinform berechnet werden müssen, sind derzeit für jeden Computer zu groß.

Es gibt tatsächlich eine Liste von Forschungseinrichtungen, die nach Leuten suchen, die die Leerlauf-CPU-Zeit ihres Computers spenden, um bei der Sequenzierung von Proteinen zu helfen.

Hier ist eine Liste: ( http://www.hyper.net/dc-howto.html ).

Ich mache mir wirklich keine Sorgen darüber, wer gerade Computer im Leerlauf haben möchte. Ich muss wissen, ob ein solcher Server existiert oder nicht
Die Leute arbeiten daran. Also nein, tun sie nicht.
Mit anderen Worten, wonach OP suchen sollte, sind Proteindatenbanken, die mit Aminosäure- oder DNA-Sequenzen indiziert werden können.
Es kann nicht genau gemacht werden , aber solche Server machen es mehr oder weniger genau, OP hat nicht gefragt, ob das Problem der Proteinfaltung plötzlich gelöst wurde.

Wenn Sie nur nach Sekundärstrukturvorhersagen suchen, können Sie die JPred-Server-API ausprobieren.

Auf ihrer Website verweisen sie auf ein Skript, das

bietet einem JPred-Benutzer erweiterte Funktionen für eine einfache und nachhaltige Übermittlung von Hunderten von JPred-Jobs. […] Für vollständige Details zum Code, Anleitungen und zum Herunterladen besuchen Sie bitte Fabians GitHub-Repository-Seite .

Server zur Proteinstrukturvorhersage für mehrere Sequenzen
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