Ich möchte verstehen, wie ein Motiv vorhanden ist oder nicht, lässt sich aus einer PDB-Datei ableiten. Gibt es Faustregeln für die Gestaltung von 3D-Motiven? Wie eine Reihe von Spiralen und Blättern in irgendeiner Richtung zu einem bestimmten 3D-Motiv führen? Gibt es solche Regeln? Wenn ja, irgendwelche Ressourcen, die Sie mir zur Verfügung stellen können?
Zum Beispiel Beta-Haarnadel. Was sollte die Sequenz von Aminosäuren oder Helix/Blatt sein, die zur Bildung des beta-Haarnadelmotivs führen würde?
Ein Motiv ist ein Muster, das Sie in einer Struktur durch Analyse entdecken. Beispielsweise sind gemeinsame Sequenzmotive kurze Sequenzfragmente mit Teilen, die einem regulären Ausdruck ähneln . Wenn Sie also ein Motiv wie "A*C" haben, passt dies zu den Sequenzen "AAC" und "ACC", aber nicht zu "ACA". Sie können den Prozess umkehren, um das Motiv aus den Sequenzen zu entdecken.
Ähnlich mit Strukturmotiven in Proteinen. Eine Beta-Haarnadel ist:
Das Motiv besteht aus zwei Strängen, die in der Primärstruktur benachbart sind, in antiparalleler Richtung orientiert ... und durch eine kurze Schleife von zwei bis fünf Aminosäuren verbunden sind.
Sie müssen also zuerst bestimmen, wo die Stränge und Schlaufen sind, dann, wie die Stränge zu Blättern verbunden sind, und schließlich die Haarnadeln erkennen. Es ist die Definition des Motivs selbst, die bestimmt, wie Sie es entdecken.
Einige Ressourcen, die hilfreich sein könnten, sind:
Mädchen101
gilleain