Welcher Server für die Berechnung des Volumens und der zugänglichen Oberfläche von Proteinen verwendet werden soll

Ich möchte die zugängliche Oberfläche und das Volumen eines Proteins finden und die PDB-Datei als Eingabe für das Protein angeben. Ich habe zwei Server verwendet, 3vee und Vadar . Für die PDB-ID 1LTM geben mir die Websites unterschiedliche Volumen- und Oberflächenmaße wie folgt:

3vee (vol: 50951 A^3; Surface area: 10837 A^2)
Vadar (vol: 40937.8 A^3; Surface area: 14680.6 A^2)

Kann mir jemand sagen, welcher Server zu verwenden ist, welcher Server genauer ist? Wenn Sie einen anderen Server kennen, der genaue Ergebnisse liefert, lassen Sie es mich bitte auch wissen.


Notiz: Beide Veröffentlichungen stammen von Nucleic Acids Research, ich denke, ich muss sie nicht validieren. 3vee wurde 2010 mit Zitationen von 164 veröffentlicht und Vadar wurde 2003 mit Zitationen von 416 veröffentlicht. Ist es in Ordnung, wenn ich 3vee nehme, da es das neueste Tool ist?

Wie groß ist das Protein/der Komplex? Können Sie etwas wie UCSF Chimera oder Pymol herunterladen und es selbst berechnen, um zu sehen, ob es mit einer dieser Zahlen übereinstimmt? Sie können auch überprüfen, ob die Oberflächenberechnungsparameter in beiden Programmen einen ähnlichen Sondenradius verwenden. Ich würde aufgrund der Tatsache, dass Vadar ein kleineres Volumen, aber eine größere Oberfläche hat, vermuten, dass sein Sondendurchmesser kleiner ist.

Antworten (2)

Sie können PDBSum- und PDBe-PISA- Server verwenden, um die zugängliche Oberfläche und die vergrabene Oberfläche zu berechnen, und den Castp - Server, um Taschen innerhalb Ihres Proteinmoleküls zu finden. Wenn Ihr Protein kugelförmig ist, können Sie den Durchmesser in Pymol messen und sein Volumen berechnen. Ich hoffe es hilft.

Können Sie einige Referenzen und / oder Links hinzufügen, damit andere, die mit Ihrer Antwort und der Frage weniger vertraut sind, folgen können? es würde definitiv Ihre Antwort stärken

Die Ergebnisse hängen von den Atomradien und von den Sondenradien ab. Ohne sie ist es unmöglich, sich eine Meinung über die Volumen und Oberflächenwerte zu bilden.

Unter Verwendung von C = 1,75, N = 1,55, O = 1,4, S = 1,8 und Hinzufügen von 1,4 für die Sonde, Ausführen der Monte-Carlo-Methode, die interaktiv in ASV-Ausgaben für 10000000 Zufallspunkte verfügbar ist (es wurden nur ATOM-Datensätze eingegeben): V = 57335,548996 +/- 1,96*34,439 ; S = 14887,818374 +/- 1,96*20,345

Sie können ASV hier herunterladen: http://petitjeanmichel.free.fr/itoweb.petitjean.freeware.html ; Es ist keine Installation erforderlich, markieren Sie einfach die Binärdatei mit dem Befehl chmod als ausführbar. Monte-Carlo f77-Quellroutinen werden ebenfalls mitgeliefert.

Referenzen:
M. Petitjean, J. Comput. Chem. 1994, 15[5], 507–523;
M. Petitjean, Spheres Unions and Intersections und einige ihrer Anwendungen in der molekularen Modellierung. In: Distance Geometry: Theory, Methods, and Applications, Kap.4, S.61-83, Springer, 2013.

Welcher Server für die Berechnung des Volumens und der zugänglichen Oberfläche von Proteinen verwendet werden soll
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