Ich habe gelesen, dass die Protein-Protein-Wechselwirkungen, die man in Betracht ziehen kann, im Allgemeinen von zwei Arten sind, nämlich physikalisch und funktionell, aber ich kann den Unterschied zwischen den beiden nicht verstehen.
Ich dachte nur, wenn zwei Proteine in einem Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk wie den in der STRING-Datenbank gespeicherten verknüpft sind, dann wird experimentell beobachtet oder irgendwie vorhergesagt, dass sie durch Bindungsstellen physikalisch interagieren, um explizit eine Funktion auszuführen, z. B. Signalübertragung. Aber da ich verschiedene Quellen lese, die die Trennung zwischen den beiden Arten von Interaktionen vornehmen, war ich etwas verwirrt.
Kannst du mir bitte helfen?
So wie ich es verstehe, sind "physikalisch" und "funktional" nur zwei verschiedene Arten, eine Wechselwirkung zwischen Proteinen zu analysieren. Proteine können physisch interagieren und tun dies auch, was bedeutet, dass sie auf bestimmte Weise und an bestimmten Stellen binden können, und diese Bindung kann Veränderungen in denselben Proteinen (wie Konformationsänderungen) hervorrufen, die ihre Eigenschaften verändern. Dies ist die rein physikalische Analyse der Proteininteraktion. Die Funktionsanalyse beginnt mit den Fragen „Welche Rolle spielt diese Wechselwirkung im System Zelle/Organismus/lebendes System?“; "Welche Auswirkungen werden diese Veränderungen des Proteins in der Zelle / im Organismus / im lebenden System haben?". Häufig aktiviert oder inaktiviert eine Konformationsänderung in einem Protein, die durch eine Wechselwirkung mit einem anderen induziert wird. Mit anderen Worten,Funktion bei der Regulierung der Aktivität des Proteins. Beispielsweise haben Phagozyten (zur Phagozytose befähigte Zellen) in ihren Membranen Proteine, die in der Lage sind, physikalisch mit Proteinen zu interagieren, die in den Membranen von Krankheitserregern vorhanden sind. Sie binden sich physikalisch an sie und ändern dabei ihre Konformation. Das ist der physische Teil der Interaktion, das passiert rein physikalisch (und kann tiefer untersucht werden). Diese Konformationsänderung ermöglicht es dem Protein, eine Reihe von Reaktionen innerhalb der Fresszelle zu katalysieren, die letztendlich zur Phagozytose und Zerstörung des Pathogens führen.Dies ist die funktionelle Analyse der Interaktion, es ist das Verständnis dessen, was durch die Interaktion funktionell erreicht wird, was in diesem Fall die Phagozytose ermöglicht (und tiefer untersucht werden kann).
David
Noired
David
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