Hefeprotein-Sekundärstruktur

Ich habe eine Fasta-Datei mit Hefe-Orfs (aus der SGD- Datenbank) und muss die (vorhergesagte) Sekundärstruktur / Klassifizierung für alle herausfinden (also ~ 6.000 Abfragen und dies von Hand auf zahlreichen verfügbaren Websites zu tun, ist keine Option) . ist die CATH- Datenbank ein Ort, der mir diese Informationen geben kann? (Bis jetzt habe ich Mühe, irgendetwas wiederherzustellen, das mir von der Website helfen kann, aber vielleicht fehlt mir etwas), wenn nicht, was ist der beste Weg / die beste Software, um dies zu tun? Sicherlich wurden diese Vorhersagen schon früher gemacht und es gibt irgendwo eine Datenbank – Hefe ist ein zu wichtiger Organismus mit vielen Informationen über sein Genom.

Viele Ressourcen sind online verfügbar , wählen Sie je nach Bedarf und gewünschtem Protein.
@Dexter, danke. Ich kenne diese Site und andere gut, aber ich brauche das Verfahren automatisiert: Ich habe ~ 6.000 ORFs und ich muss sie alle durch den Algorithmus laufen lassen, um eine Sekundärstruktur zu erhalten.
Dann brauchen Sie ein wenig Programmierung mit Serverabfragen . Suchen Sie alternativ nach Servern, die Stapelsequenzen akzeptieren.
@Dexter leider kann ich das nicht, also war ich eher auf der Suche nach einem Stück Code (R/Python) oder einer relativ einfach zu bedienenden Software. Ich kämpfe im Moment mit der Installation und Ausführung von s2D (dessen Serverversion ich ausprobiert und für gut befunden habe) und es ist ein Albtraum.

Antworten (2)

Aus Kommentaren habe ich verstanden, dass Sie Vorhersagen in großen Mengen benötigen. Sie können das API-basierte System von JPred verwenden . Sie ermöglichen es Ihnen, mehr als 1000 Jobs pro Benutzer und Tag einzureichen. Sie können die Anweisungen Schritt für Schritt aus ihrer Dokumentation durchgehen . Es sieht einfach aus!

Ein weiterer Treffer, den ich bei der Suche erhalten habe, ist Phyre2 . Ich bin sicher, dass es viele solcher Server gibt.

Phyre2 brauchte eine nicht triviale Zeit, bis ich ein Modell zurückbekam. Ich weiß jedoch nicht, ob ihre Stapelverarbeitung schneller ist.
@canadianer Ich habe keine dieser Seiten überprüft. API-Integration klingt interessant. Meine persönliche Wahl wird über Python-Abfragen an den ExPASY-Server übermittelt, aber OP ist kein Programmierer (oder will es nicht sein), denke ich.
@Dexter, wie Sie sagten, war JPred sehr einfach einzurichten und zu verwenden, nochmals vielen Dank. und ich programmiere selbst, aber ich bin nicht sehr erfahren in Python und ich habe im Moment nicht viel Zeit zu lernen, wie man Abfragen usw. in Python einreicht
Kein Problem. Gehen Sie mit dem, was Sie einfacher finden. Am Ende zählt nur, seinen Job zu erledigen.

Zusätzlich zu Dexters Antwort fand ich heraus, dass das s2D genau das tut, was ich brauche. Das Einrichten könnte etwas knifflig sein und ist sicherlich aufwändiger als das Einrichten von JPred, aber die Verwendung ist einfach und die Ausgabe ist in einem schöneren Format.

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