Kann VMD seine Cartoon-Darstellung für die Sekundärstruktur gemäß Trajektorien ändern?

Ich verwende VMD, um die Sekundärstruktur von Proteinen zu visualisieren.

Die Trajektorien stammen aus meiner Gromacs-Simulation. Zuerst verwende ich , um die Datei File - New Molecule...zu laden . protein.groZweitens benutze ich , um meine Trajektorien File - Load Data into Molecule...zu laden .protein.xtc

Dann verwende ich, Cartoonum die Struktur zu visualisieren. Wenn ich die Zeitrahmen ziehe, bleiben alle sekundären Strukturen (z. B. Alpha-Helix, Beta-Blatt) gleich. Aber ich bin mir ziemlich sicher, dass sich einige von ihnen ändern, wenn ich mir die TimelineAnalyse der Sekundärstruktur anschaue.

Wie VMDkann man also die Sekundärstrukturen in verschiedenen Zeitrahmen sehen?

Vielen Dank für die Hilfe von @Stefan! Endlich funktioniert es! Folgen Sie also Stefans Anleitung und ersetzen Sie die moliddurch die Zahl unter der IDin der VMD Main.

Ich sehe, dass dies zuerst auf bioinformatics.SE gefragt wurde: bioinformatics.stackexchange.com/questions/3432
ja, weil niemand darauf antwortet.
Und könnten Sie mir bitte sagen, wo die Regel ist, dass ich eine wiederholte Frage nicht auf zwei Seiten stellen darf? @marzin
@lanselibai es ist überall, überprüfen Sie zum Beispiel diese Antwort des Mitbegründers von SE. Und es ist per se keine Regel, aber es wird im Allgemeinen bevorzugt, dass Sie Ihre Fragen auf das Publikum der Website zuschneiden, auf der Sie posten.
Ich verstehe die Notwendigkeit, nur an einer Stelle zu fragen. Aber da es keine klare Grenze in Bezug auf mein VMD-Softwareproblem gibt, denke ich, dass es für beide Sites geeignet ist. Es wäre also besser, wenn es eine explizite Definition gibt, wo meine Frage gepostet werden soll.
@lanselibai: "Animation der Sekundärstruktur" ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.3/ug/node256.html

Antworten (2)

Wie Martin betonte, aktualisiert VMD den Inhalt der Sekundärstruktur nicht im Verlauf einer MD-Trajektorie. Sie können dies ganz einfach in VMD tun, indem Sie das SSCache-Skript verwenden:

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/scripts/sscache/sscache.tcl

Ich glaube, es wird tatsächlich mit den neuesten Versionen von VMD ausgeliefert, aber ich bin mir nicht ganz sicher; selbst wenn nicht, können Sie es leicht beziehen:

Erweiterungen > Tk-Konsole (in der Konsole eingeben source Downloads/sscache.tcl(oder wo immer Sie das Skript gespeichert haben)). Sobald Sie das Skript bezogen haben, wäre es am einfachsten, Ihre Topologie und Trajektorie zu laden und (in der Tk-Konsole) den Befehl auszugeben start_sscache molid, obwohl ich empfehle, sich die Beispiele und Optionen im Skript anzusehen.

Vielen Dank. Beides source Downloads/sscache.tclund start_sscache molidkönnte verwenden. Als ich mich jedoch entlang des Zeitrahmens bewege, konnte ich keine Veränderung der Sekundärstruktur (SS) feststellen. Ich habe Extensions- Analysis- Timeline- Calculate- verwendet Calc. Sec. Struct., um die SS zu visualisieren, also weiß ich, dass sich die SS definitiv ändert. Ich frage mich also, ob der sscacheden gleichen Algorithmus wie Timeline(was STRIDE) für SS anwendet?
'molid' ist in diesem Beispiel nur ein Ersatz für die ID Ihres Systems; Sie können es unter ID neben der Anzahl der Atome im VMD-Hauptfenster sehen. Wenn Ihr System "myMolecules" heißt, geben Sie start_sscache myMolecules in der Tk-Konsole aus (Sie müssen natürlich die Quelle Downloads/sscache.tcl ausgeben).

Animieren der Sekundärstruktur in VMD

Die Sekundärstrukturdefinitionen für die Moleküle in VMD ändern sich während einer Animation nicht, aber sie können dazu gebracht werden, dies mit einem Trace auf der Tcl-Variablen vmd_frame($molecule) zu tun. Der einfachste Weg ist, vmd_calculate_structure(molecule) jedes Mal aufzurufen, wenn sich der Frame ändert. . .

Kann VMD seine Cartoon-Darstellung für die Sekundärstruktur gemäß Trajektorien ändern?
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