Ich habe mehrere Röntgenstrukturen (PDB-Dateien) desselben Proteins. Alle haben fehlende Rückstände. Ich möchte alle verwenden, um ein einziges Modell zu bauen, mit so wenig fehlenden Rückständen wie möglich. Gibt es dafür ein Tool (Webserver, Software)?
In einer bestimmten Anwendung habe ich eine zusätzliche Anforderung. Eine der PDB-Dateien ist etwas Besonderes (nennen Sie sie die Vorlage), in dem Sinne, dass ich ihr nur fehlende Reste hinzufügen möchte. Das heißt, das resultierende Modell sollte die spezielle pdb-Datei enthalten und sich perfekt daran ausrichten, der einzige Unterschied besteht darin, dass das resultierende Modell einige zusätzliche Reste enthält, die aus den Informationen in den anderen pdb-Dateien vervollständigt wurden. Okay, das resultierende Modell sollte nicht "perfekt" an der Vorlage ausgerichtet sein. Ich lasse etwas Entspannung in den Verbindungspunkten zu. Die Idee ist jedoch, dass die Vorlagen-PDB ein "größeres Gewicht" haben sollte.
Das sind also die beiden Probleme: 1) Wie rekonstruiert man ein vollständigeres Modell aus einer Reihe von PDB-Dateien desselben Proteins? 2) Wie ergänzt man fehlende Reste in einer PDB-Datei unter Verwendung von Informationen aus anderen PDB-Dateien desselben Proteins?
Ich schlage vor, dass Sie modeler - advance modeling ( https://salilab.org/modeller/tutorial/advanced.html ) verwenden , wo Sie mehrere PDB-Vorlagen verwenden können, um die endgültige Modellstruktur zu erhalten.
Alles Gute..:)
Michael Kühn
Becko