Dies ist vielleicht eine etwas abrupte / vage Frage, aber ich wusste nicht, wie ich mit der Suche fortfahren sollte, um die Antwort zu erhalten.
Was sind die Eigenschaften eines 3D-Biomoleküls, die ignoriert werden, wenn ein 3D-Biomolekül in SMILES (vereinfachtes molekulares Eingabesystem) in eine 1D-Darstellung umgewandelt wird? Zwei Eigenschaften, die ich fand, die vernachlässigt werden, sind Verknüpfungen, Interaktionseigenschaften. Mit Eigenschaften meinte ich Isomerenzahl, Isomerenschwelle usw. Gibt es noch Eigenschaften, die vernachlässigt werden?
Ein 3D- Modell eines (Bio-)Moleküls repräsentiert eine physische 3-Dimension. Für eine experimentelle Struktur hat jedes Atom eine 3D-Koordinate (x, y, z) und, falls durch Kristallographie bestimmt, einen zusätzlichen isotropen oder aniosotropen B-Faktor (der Atomfluktuationen modelliert).
Ein '1D' SMILES ist keine physische 1-dimensionale Darstellung und kann in ein Diagramm (Mathematik) umgewandelt werden, das die chemische Struktur darstellt. Die Spezifikation von SMILES KANN Informationen über Strukturisomere, Stereoisomere (cis/trans; D/L), aber keine Konformere/Rotomere enthalten, die im Gegensatz zu kleineren chemischen Strukturen auf bestimmte günstige Regionen für größere Biomoleküle beschränkt sind .
Wenn Sie mit "Verknüpfung" eine chemische Verknüpfung wie eine Disulfidbindung meinen, dann kann SMILES solche Informationen speichern. Wenn Sie mit "Wechselwirkungen" Wasserstoffbrückenbindungen, Salzbrücken und sogar hydrophobe Wechselwirkungen usw. meinen, dann kodiert SMILES solche Informationen nicht, aber auch kein 3D-Modell explizit - sie werden aus den 3D-Koordinaten für jedes Atom impliziert .
Wenn Sie also von einem 3D-Modell zu SMILES konvertieren, würden Sie verlieren
Ungewöhnliche Bindungslänge und Bindungswinkel: Sie werden notwendigerweise von den 3D-Koordinaten angegeben, aber in SMILES (oder der nachfolgenden Grafik) werden sie als „ideal“ angenommen.
Rotomere: zB Proteine haben bevorzugte Diederwinkel sowohl im Rückgrat als auch in den Seitenketten, was in SMILES nicht spezifiziert ist.
"Wechselwirkungen": Bestimmte intramolekulare Wechselwirkungen, die unvermeidlich sind (z. B. Salicylaldehyd), sind sowohl in SMILES als auch in einem 3D-Modell impliziert. Die meisten anderen lassen sich im 3D-Modell nur erahnen.
Nandor Poka
Mädchen101
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Nandor Poka