Ich versuche, Jpred zu verwenden, um die Sekundärstruktur für eine Proteinsequenz vorherzusagen. Wenn ich J-pred ausführe, erhalte ich eine Reihe von Treffern von PDB. Mir ist auch aufgefallen, dass diese "Hits" den gleichen Namen haben wie die Vorlagen, die ich verwende, wenn ich Swiss Mod verwende. Wie interpretiere ich diese Treffer, ignoriere ich sie einfach und zwinge jpred trotzdem, die Struktur vorherzusagen?
Das hängt davon ab, was Sie zu tun versuchen. Anscheinend ähnelt Ihre Abfragesequenz der von Proteinen mit bekannter 3D-Struktur. Wie es auf der Ergebnisseite von Jpred (und Hilfe ) heißt, könnte es sich in diesem Fall lohnen, diese Homologe mit experimentell bestimmten Strukturen nach Informationen zur Sekundärstruktur zu durchsuchen. Höchstwahrscheinlich wird es genauer sein als Jpreds Vorhersage.
Wie viel der Sekundärstruktur Sie aus der 3D-Struktur verwenden können, hängt auch davon ab, welche Teile zwischen Ihrer Sequenz und denen in der PDB ausgerichtet sind. Sie können die Alignments auf der Ergebnisseite von Jpred anzeigen, indem Sie auf die Schaltfläche unter „Alignment of PDB hits to your sequence“ klicken. Wenn Sie jedoch mit Anmerkungen aus der 3D-Struktur arbeiten, wäre es wahrscheinlich besser, SWISS-MODEL direkt zu verwenden.
Wenn Sie diese Treffer nicht sehen und nur eine Jpred-Vorhersage erzwingen möchten, können Sie in den erweiterten Optionen „Suche nach PDB vor der Vorhersage überspringen“ aktivieren, bevor Sie Ihre Vorhersage einreichen. Die Treffer werden nur aus Gründen der Bequemlichkeit angezeigt, sie zu ignorieren ändert nichts an Jpreds Vorhersage.
Ksims
mivilar
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