JMol kann verwendet werden, um Wasserstoffbrückenbindungen in Proteinen durch das Skript "calculate HBONDS" zu identifizieren. Indem wir den Zustand des Netzwerks ausgeben, können wir eine Liste von H-Brücken erhalten.
Hier ist eine Zeile aus einer Beispielausgabe (PDB-ID-Nummer 1a1x):
74 540 4096 0.001 -2.507 hbond;
Ich glaube, die richtige Interpretation der ersten beiden Zahlen ist, dass Atom 74 H-gebunden an Atom 540 ist. (Ich bin mir nicht sicher, was die anderen Zahlen bedeuten.)
Frage : Wie können wir bestimmen, welches Atom Donor und welches Akzeptor ist?
Im obigen Beispiel ist Atom 74 ein Stickstoffatom und Atom 540 ist ein Kohlenstoffatom, also ist vermutlich das Stickstoffatom der Donor. Aber wie können wir das im Allgemeinen sagen?
Ich weiß nichts über JMol, aber das kann leicht mit UCSF Chimera gemacht werden.
Ich habe die 1a1x-Struktur geladen. Dann ausgewählt: Werkzeuge > Strukturanalyse > FindHBond
Ich habe die Standardwerte beibehalten und ausgewähltWrite information to reply log
Dann geklicktOK
Auf der Struktur werden die H-Brücken mit einer farbigen Linie gekennzeichnet.
Um anzuzeigen, wer Spender und Empfänger ist, gehen Sie zu: Favoriten > Antwortprotokoll
Eine Ausgabe des Antwortprotokolls ist unten:
H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
ASP 12.A N GLU 25.A OE2 no hydrogen 3.012 N/A
HIS 13.A N GLU 25.A OE1 no hydrogen 3.338 N/A
HIS 13.A ND1 ASP 12.A OD2 no hydrogen 2.835 N/A
LEU 14.A N TRP 70.A O no hydrogen 2.934 N/A
TRP 15.A N ARG 23.A O no hydrogen 2.866 N/A
...
120 hydrogen bonds found
Wie Sie sehen können, wurden Donor und Akzeptor wie in der Kopfzeile definiert identifiziert.
Auf Wunsch können die Informationen auch durch Auswahl Write to text fileim FindHBondFenster in eine Datei geschrieben werden.
Dasselbe musste ich auch mit Jmol tun, und ich habe herausgefunden, wie ich eine Liste aller Hbonds bekomme.
Schritt 1: Berechnen Sie die hbonds mit oder ohne RASMOL-Methode. Es liegt an Ihnen, z.
jmolScriptWait("select not hydrogen; set hbondsRasmol FALSE; calculate HBONDS")
Schritt 2: Nur die hbonds anzeigen
jmolScriptWait("display connected(hbond)")
Schritt 3: Exportieren Sie die Bindungsinformationen in ein JavaScript-Array
jmolGetPropertyAsArray("bondInfo")
Sie haben eine Reihe von Objekten, die jeweils die Atome enthalten, die durch diese hbond und die Bindungslänge verbunden sind.