Ich arbeite mit einem Protein, das keine Homologie zu anderen Proteinen aufweist, daher ist wahrscheinlich eine Ab-initio-Strukturvorhersage erforderlich. Da ich jedoch nicht für ein Strukturvorhersagelabor arbeite und keine strengen Anforderungen an eine hochauflösende Struktur habe, bin ich mit einer Vorhersage mit einer Auflösung von 6-10 Angström einverstanden, um mir bei der Visualisierung des Proteins zu helfen.
Ich stelle mir I-TASSER vor, um eine erste Vorstellung von der Topologie zu bekommen. SWISS-MODEL findet keine Homologe zum Templaten. Ich versuche, Robetta zu vermeiden, da es wahrscheinlich einen Monat dauern wird. Welche anderen Webserver mit niedriger Auflösung sollte ich testen?
Alternativ könnten Sie mir einfach sagen, dass ich es aufsaugen und einer einmonatigen Vorhersage unterziehen soll.
Haben Sie hhpred verwendet , um nach Homologen zu suchen? Was war Ihr Kriterium für die Definition, dass es keine Homologe gibt? Sie könnten potenziell auf etwa 30 % Sequenzidentität zum Modellieren heruntergehen.
Ich würde die Abfragesequenz sowohl an I-Tasser als auch an Rosetta senden und sehen, ob beide Server der Topologie zustimmen. I-Tasser stellt immer 5 Modelle Ihrer Abfragesequenz bereit (selbst wenn sie Müll sind), die nach einem Konfidenzwert geordnet sind.
Während Sie darauf warten, dass die oben genannten Server fertig sind, würde ich die Sequenz an eine Reihe von Servern zur Vorhersage der Sekundärstruktur senden, um zu einem allgemeinen Konsens über die Sekundärstruktur Ihres Proteins zu gelangen. Einige Server, die Sie verwenden könnten, sind:
Wenn die Server zu einem Konsens kommen, vergleichen Sie die Sekundärstrukturvorhersage mit der Sekundärstruktur der Modelle, um zu sehen, ob die Ab-initio- Modellierung mit der Sekundärstrukturvorhersage übereinstimmt. Dies gibt Ihnen mehr Grund, Vertrauen in Ihr Modell zu haben.
Ich würde dann Ihre Modelle validieren mit:
Gibt es schließlich irgendwelche Einschränkungen, bei denen Sie eine solche Oligomerisierungsstelle oder eine Protein-Protein-Wechselwirkungsstelle einführen könnten, um bei der Modellierung zu helfen?
Robetta ist der beste Service, den ich für ein Protein gefunden habe, an dem ich arbeite und das keine gelöste Struktur hat. Es ist gerade für den CASP10-Wettbewerb ausgefallen, aber ich würde es einreichen und warten. Die Wartezeit betrug in letzter Zeit ~ 2 Monate.
bobthejoe