Ich muss alle meine Sequenzen in einem Stockholm-Format in dieses konvertieren:
hg19_11_6_Ala ----------------.GG--gggaguggugu....gguuacgaaugUGGCCUCUGC-----AA.............................................................GCAGACA.........................G..CCUGGGUUCAAUU...........................
#=GR hg19_11_6_Ala PP .................22..45677788888....899999999996777899988.....56.............................................................8999999.........................9..*************...........................
In so etwas:
hg19_11_6_Ala ................((..(((((((((((...)))))))))))))))))))))))....((................................)))))))))......)))).....................
Offensichtlich im Einklang mit dem Stockholmer Format. Irgendein Hinweis?
Wenn Sie eine Konsensstruktur für eine Gruppe von Alignments im Stockholm-Format finden möchten, können Sie es mit RNAalifold versuchen und für die Faltung einzelner Sequenzen RNAfold überprüfen . Beide haben Online-Server und können auch offline betrieben werden.
Nachdem Sie die Konsensstruktur erhalten haben, aktualisieren Sie die Stockholm-Datei, indem Sie eine Strukturkonsenszeile wie folgt hinzufügen: #=GC SS_consgefolgt von der Punkt-Klammern-Notation.
Ein netter RNA-Struktureditor, der Ihnen das Leben leichter machen wird, ist EMACS, wenn er mit RALEE ergänzt wird . Es ermöglicht Ihnen, RNA-Strukturen anzuzeigen und zu manipulieren, die Strukturfaltung vorherzusagen und die Ausrichtungen basierend auf Basenpaarbeziehungen einzufärben. Es wird sich lohnen, Zeit in die Beherrschung von RALEE zu investieren.