Hallo, ich habe gerade mit Bioinformatik begonnen und würde gerne wissen, welche Programme am besten für die Aufgabe geeignet sind, circRNA (zirkuläre RNA) in Sequenzen von Geweben und verschiedenen Zelltypen zu finden. Ich habe von circRNA finder, find circ, CIRCexplorer, CIRI und MapSplice gehört, die alle verschiedene Programme sind, um circRNA zu finden, aber ich weiß wirklich nicht, welches am häufigsten verwendet und am einfachsten zu verwenden ist und welches am genauesten ist CircRNA finden.
Laut dem neuesten Artikel ( https://doi.org/10.1093/bib/bbx014 ) zeigt CIRI2 eine ausgewogene Leistung in Bezug auf Empfindlichkeit und FDR.
„Computergestützte Nachweismethoden wurden in Studien zur Biogenese und Funktion von zirkulären RNAs (circRNAs) häufig eingesetzt. Alle bestehenden Tools zeigten jedoch Nachteile bei bestimmten Aspekten des Nachweises von circRNA. Hier schlagen wir ein verbessertes Multithreading-Erkennungstool vor, CIRI2 , die eine angepasste Maximum-Likelihood-Schätzung basierend auf multiplem Seed-Matching verwendet, um Back-Splice-Junction-Reads zu identifizieren und falsch positive Ergebnisse zu filtern, die von sich wiederholenden Sequenzen und Kartierungsfehlern stammen.Wir haben objektive Bewertungskriterien basierend auf realen Daten aus RNase R-behandelten Proben und systematisch festgelegt verglichen 10 zirkuläre Erkennungstools, die zeigten, dass CIRI2 seine Vorgängerversion CIRI und alle anderen weit verbreiteten Tools übertraf, die sich durch eine bemerkenswert ausgewogene Empfindlichkeit, Zuverlässigkeit, Dauer und RAM-Nutzung auszeichneten."
David