Ich versuche derzeit, Derivate eines Moleküls herzustellen, in der Hoffnung, es für Bakterienmembranen durchlässiger zu machen. Ich wollte wissen, ob es Bakterienmembran-Simulationsprogramme gibt, mit denen ich mein Molekül andocken und seine vorhergesagte Permeabilität sehen kann. Vorzugsweise möchte ich ein kostenloses Programm verwenden, das als vertrauenswürdig/genau bekannt ist.
Derzeit arbeite ich mit vielen Biologen zusammen, die an Simulationen von antimikrobiellen Peptiden in der Membran arbeiten. Diese scheinen einen ähnlichen Mechanismus zu haben, den Sie anstreben – die Lipiddoppelschicht zu durchdringen.
Vermutlich sind Sie bereits zu dem Schluss gekommen, dass molekulardynamische Simulationen wahrscheinlich ein guter Schuss sind, um zu untersuchen, was auf atomistischer und energetischer Ebene passieren kann. Software existiert, aber eine genaue Antwort von einem Projekt wie diesem kann Monate an Arbeit und Zeit auf einem HPC-Cluster erfordern .
Die einzige Software , die von PDB ( vertrauenswürdig ) ausdrücklich für Membransysteme empfohlen wird, ist GROMACS (und es ist kostenlos !). Dies hat eine Dokumentation zur Membransimulation, die ich in der Vergangenheit verwendet habe. Sie müssen jedoch sowohl beim Entwerfen der Simulation als auch beim Analysieren der Ausgabe sehr vorsichtig sein, und möglicherweise ist eine fachkundige Hand erforderlich.
Viktor Tschubukow
Viktor Tschubukow