Ich mache ein Bachelor-Forschungsprojekt, das die blaZ-Gentypisierung für verschiedene Stammtypen von Staphylococcus aureus -Bakterien beinhaltet; Als Referenz finden Sie hier einige Artikel zu diesem Thema, die die Resistenzfähigkeiten des blaZ-Gens und vier verschiedene Beta-Lactamasen untersuchen, die produziert werden können:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3421557/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC188454/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC106017/
Im Moment muss ich in der Lage sein, blaZ-Gensequenzen in Plasmiden (oder chromosomalen Regionen, wenn ich mir blaZ-Gene vom Typ B ansehe) verschiedener S. aureus- Stämme an den vier blaZ-Gentypen (A, B, C und D) auszurichten. Referenzstämme, wie in der ersten Veröffentlichung erwähnt. Die erste Veröffentlichung stellt die folgenden Stämme als "Referenzstämme" bereit: Typ A, PC1; Typ B, 22260; Typ C, RN98; und Typ D, FAR19. Ich kann jedoch nur die Nukleotidsequenz für PC1 und die Teilsequenz für 22260 auf Genbank finden; Wenn ich nach RN98 oder FAR19 suche, werden keine relevanten Ergebnisse angezeigt. Auch wenn diese Gentypsequenzen nur durch mehrere SNPs unterscheidbar sein sollten, ist es wichtig, dass ich Referenzen für alle vier habe, um eine möglichst genaue Stammtypisierung zu ermöglichen.
In der letzten Arbeit bemerkte ich, dass sie einige der Unterschiede zwischen allen vier Nukleotidsequenzen des blaZ-Gentyps liefern, aber nicht in einer "von Anfang bis Ende"-Reihenfolge (dh die Nummerierung über den Nukleotiden ist nicht fortlaufend und die Länge des Sequenzvergleichs insgesamt ist weniger als 846, was die Länge der PC1-kodierenden Regionen ist). Bitte geben Sie Bescheid, da ich nach unzähligen Suchen auf Genbank immer noch nicht die spezifischen Sequenzierungsinformationen habe, die ich für jeden blaZ-Typ benötige.
Möglicherweise haben Sie dies bereits versucht, aber wie wäre es, wenn Sie eine BLAST-Suche mit einer der Sequenzen durchführen, die Sie haben, und den Organismus vielleicht auf Staph a beschränken.
Weitere Informationen: Der folgende Artikel führte einen ähnlichen Vergleich durch und erwähnt die Typen RN9 und FAR10, möglicherweise sind diese verwandt (oder ursprünglich falsch geschrieben). Siehe unten.
„Real-Time PCR Assay for Detection of blaZ Genes in Staphylococcus aureus Clinical Isolates“ unter https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3993521/ erwähnt: „type A, PC1(pI254) and NCTC 9789; Typ B, 22260 und ST79/741; Typ C, 3804 (pII3804), RN9 (pII147) und V137; und Typ D, FAR10".
In jedem Fall empfehle ich dringend, zu Ihrem interessanten Originalartikel zu gehen und die Funktion "Zitiert von" zu verwenden, um neuere Artikel zu finden.
Kanadier