In fast allen Arbeiten zur Bioinformatik bin ich mit dem High-Throughput-Wort konfrontiert worden, aber ich konnte keine Erklärung dazu finden (ich denke, es ist so einfach zu verstehen und deshalb erklärt es jemand, aber ich konnte es nicht tun). Kann mir jemand erklären, was mit High-Throughput gemeint ist? Danke im Voraus.
Hochdurchsatz-Sequenzierung bezieht sich insbesondere auf Sequenzierungstechniken wie Illumina, mit denen Sie große Mengen an DNA auf einmal sequenzieren können (Hunderttausende von Strängen), im Gegensatz zu älteren Techniken wie dem Klonen der cDNA in Plasmiden mit anschließender Sequenzierung.
Hochdurchsatz, wie von Canadianer in ihren Kommentaren angegeben, bezieht sich auf die Datenmenge, die vom System verarbeitet wird. Obwohl die Antwort von CactusWoman für den Fall der DNA-Sequenzierung richtig wäre, ist der Hochdurchsatz nicht wirklich auf diesen Bereich beschränkt.
Jede Hochdurchsatztechnik versucht, mehrere Variablen gleichzeitig zu messen. Die Beispiele umfassen neben der DNA-Sequenzierung der nächsten Generation die RNA-Sequenzierung, die Proteinidentifizierung und -quantifizierung durch Massenspektrometrie (LC-MS), die Lipidprofilierung durch GC-MS usw.
Es gibt auch Techniken mit mittlerem Durchsatz, die mehrere Variablen messen können, aber viel weniger als Techniken mit hohem Durchsatz. Viele Techniken mit niedrigem Durchsatz können durch ein gewisses Maß an Automatisierung und experimenteller Planung auf mittleren Durchsatz umgestellt werden. Ein Beispiel wäre Echtzeit-PCR.
Es gibt nichts Besonderes an der bioinformatischen Verwendung dieses Begriffs; es ist normales Englisch, kein Fachjargon. „Durchsatz“ bedeutet einfach die Rate, mit der etwas verarbeitet werden kann. Ein Hochdurchsatzsystem ist eines, das Dinge mit hoher Geschwindigkeit verarbeitet, und es könnte gleichermaßen für die Genomsequenzierung, ein städtisches Verkehrsnetz, die Ticketschalter bei einem Fußballspiel, eine Fabrik, die Kartoffeln zu Chips (Pommes) verarbeitet, oder den Prozessor angewendet werden in Ihrem Computer.
In der Biologie bezieht sich der Durchsatz jedoch normalerweise auf die Geschwindigkeit, mit der Proben verarbeitet werden können. Eine Methode mit „niedrigem“ Durchsatz ist daher eine Methode, deren Durchführung länger dauern kann, die nur auf wenige Proben angewendet werden kann oder wiederholt werden muss, um einen vollständigen Satz von Messungen verschiedener Faktoren zu erhalten. Eine Methode mit „hohem“ Durchsatz ist einfach eine schnellere Methode, die es ermöglicht, eine größere Anzahl von Proben in der gleichen oder kürzeren Zeit zu verarbeiten. Dies kann erreicht werden, indem schneller gearbeitet, mehrere Proben gleichzeitig verarbeitet oder mehrere Aspekte derselben Probe gleichzeitig bearbeitet werden.
Beachten Sie, dass es keine Definition dafür gibt, wann etwas zu „hohem Durchsatz“ wird; es ist im Vergleich zu früheren Methoden einfach „hoch“, obwohl Sie normalerweise erwarten würden, dass es nur angewendet wird, wenn die neue Methode um ein Vielfaches schneller ist als die vorhandene Methode, keine kleine inkrementelle Verbesserung.
Hochdurchsatz-Sequenzierung bezieht sich speziell auf Sequenzierungstechniken wie Illumina, mit denen Sie riesige Mengen an DNA auf einmal sequenzieren können, was Hunderttausende von Strängen bedeutet. Gleichzeitiges Produzieren einer Vielzahl von Datensequenzen.
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