Suchen Sie nach einer Zieldatenbank für Krebsmedikamente, um die Sequenzierung der Tumor-DNA von Patienten zu steuern

Ich bin mir nicht sicher, ob die Exomsequenzierung der richtige Weg für diese Art von Aufgaben ist, insbesondere wenn Sie eine Vorstellung von den Mutationen haben, nach denen Sie suchen könnten. Aktuelle Arrays sind ziemlich leistungsfähig und viel schneller und billiger.

Für die Daten können Sie einen Blick auf The Cancer Genome Atlas werfen . Andernfalls könnte Biological Networks Ihnen die API für Sie bereitstellen, wenn Sie keine Angst haben, ein wenig Java zu verwenden, um es mit R zu verbinden.

Es gibt noch keine perfekten Ressourcen für diese Informationen im öffentlichen Bereich. Es gibt jedoch drei, die wirklich gute Fortschritte machen. Das erste ist mycancergenome bei Vanderbilt. Sie waren eine der ersten Quellen, die diese Art von Informationen ins Internet gestellt hat. Sie sind in der Regel ziemlich streng in Bezug auf die Beweise und die Art der Abweichungen, die auf der Website erscheinen. Ich bin mir jedoch nicht sicher, ob Sie dort programmgesteuert auf Informationen zugreifen können. Die zweite Ressource ist die von MD Anderson entwickelte https://pct.mdanderson.org . Dies sind wirklich gute Ressourcen, allerdings nur für eine Handvoll Gene, wenn auch einige der am häufigsten mutierten. Ich sehe keinen programmatischen Zugriff auf die Informationen. Die dritte und für die Community vielversprechendste Ressource ist die CIVIC-Datenbank:https://civic.genome.wustl.edu/#/home. Dies ist eine Crowdsourcing-Ressource, die eingerichtet wurde, um krebsassoziierte Mutationen zu Medikamenten, Phänotypen und Ergebnissen zusammenzufassen. Ich kann diese Seite nur wärmstens empfehlen und ermutige nicht nur zum Datenverbrauch, sondern auch zum Kommentieren. Als jemand, der Drug-to-Genom-Matching gemacht hat, ein paar Ratschläge. DNA-basierte Veränderungen sind der beste Beweis für den Abgleich. Wenn Sie RNA verwenden, seien Sie etwas vorsichtiger bei der Zuordnung basierend auf dem Mechanismus "ist ein Ziel". Stellen Sie also DNA-basierte Änderungen über RNA. Beginnen Sie außerdem einfach mit Arzneimittelzielen als Platzhalter, versuchen Sie jedoch, Informationen über Veränderungen in Bezug auf das Ansprechen auf Arzneimittel zu erhalten. Änderungen in einem Drogenziel könnten also (und oft) Passagiere und nicht Fahrer sein und werden in diesem Fall nicht auf Drogen ansprechen. Die Häufigkeit in anderen Tumoren und Mutationen in wichtigen Domänen sind gute Anhaltspunkte für die Triage solcher Varianten. Auch die Informationen über die Krankheit und die Mutationen sind wichtig. Wenn eine Arzneimittelvariante-Mutation bei einer Krankheit beobachtet wird, gibt es möglicherweise Mechanismen, die einem anderen Tumortyp innewohnen, die ein Einwirken auf die Arzneimittel-Varianten-Assoziation in dem unterschiedlichen Tumortyp ausschließen würden. Schließlich ist der Arzneimittelmechanismus zu berücksichtigen. Bestimmte Medikamente, die dasselbe Ziel angreifen, tun dies, aber in unterschiedlichen Mechanismen, die ausschließen können, dass sie im Zusammenhang mit bestimmten Mutationen verabreicht werden. Viel Glück bei Ihren Bemühungen. Wenn eine Arzneimittelvariante-Mutation bei einer Krankheit beobachtet wird, gibt es möglicherweise Mechanismen, die einem anderen Tumortyp innewohnen, die ein Einwirken auf die Arzneimittel-Varianten-Assoziation in dem unterschiedlichen Tumortyp ausschließen würden. Schließlich ist der Arzneimittelmechanismus zu berücksichtigen. Bestimmte Medikamente, die dasselbe Ziel angreifen, tun dies, aber in unterschiedlichen Mechanismen, die ausschließen können, dass sie im Zusammenhang mit bestimmten Mutationen verabreicht werden. Viel Glück bei Ihren Bemühungen. Wenn eine Arzneimittelvariante-Mutation bei einer Krankheit beobachtet wird, gibt es möglicherweise Mechanismen, die einem anderen Tumortyp innewohnen, die ein Einwirken auf die Arzneimittel-Varianten-Assoziation in dem unterschiedlichen Tumortyp ausschließen würden. Schließlich ist der Arzneimittelmechanismus zu berücksichtigen. Bestimmte Medikamente, die dasselbe Ziel angreifen, tun dies, aber in unterschiedlichen Mechanismen, die ausschließen können, dass sie im Zusammenhang mit bestimmten Mutationen verabreicht werden. Viel Glück bei Ihren Bemühungen.