Schreiben Sie die Haplotypen der Familie auf

Ich mache alte Prüfungsaufgaben, um mich auf meine Abschlussprüfungen am Montag vorzubereiten, und ich bin über eine Aufgabe gestolpert, bei der ich nicht sicher bin, wie ich sie angehen soll.

Eine Familie mit 2 Kindern wird unter Verwendung von PCR mit 4 Markern, A, B, C und D, auf Katarakte untersucht. Die Ergebnisse werden auf einem Gel getrennt und die Genotypen sind wie folgt:

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Wobei Far = Vater, Mor = Mutter, Scheune = Kind.

Beachten Sie, dass bei der Analyse ein Fehler aufgetreten ist, sodass die Allele von Kind 2 unbestimmt sind.

Die Frage lautet: Zeichne einen Stammbaum mit jedem ihrer Haplotypen. Was ist der wahrscheinlichste Haplotyp von Kind 2?

Ich verstehe nicht genau, was gefragt wird. Ich bin mir nicht sicher, was ein HAPLOtyp ist. Ich weiß, was ein Genotyp ist, und darauf scheint die Antwort hinzudeuten.

Die Antwort für den Vater lautet: 4 3, 1 2, 11 5, 7 4. Nun ist der einzige Unterschied zwischen diesen Zahlen und den gegebenen Zahlen die Neuanordnung von 5 und 11 in Markierung C?

Der erste Absatz des Wikipedia-Artikels sollte helfen - es ist die Kombination von Allelen, die von einem Elternteil geerbt wurden, dh auf demselben Chromosom. Es stammt vom haploiden Genotyp ab.
Ich verstehe die Aufgabe immer noch nicht. Was bedeuten die Zahlen genau? Sind sie mit diesem Bild verwandt und wenn ja, was stellt jede Zahl in Form von Buchstaben auf dem Bild dar? i.imgur.com/0yiiBrP.png
Alles, was Sie brauchen, um das Problem zu lösen, ist zu wissen, dass sie auf verschiedene Marker-Allele hinweisen. Die Allele könnten auf eine variable Anzahl von Wiederholungen an den Loci zurückzuführen sein (siehe Beispiele für Mikrosatelliten und Tandem-Wiederholungen mit variabler Anzahl auf Wikipedia), aber diese Informationen sind nicht erforderlich, um das Problem zu lösen. Auf Ihrem Bild könnten die Marker beliebige Allele sein.
Warum wechseln sie beim Schreiben der Haplotypen gelegentlich zwischen den Zahlen? Im Diagramm hat der Vater: 3,4 1,2 5,11 4,7 Aber die Antwort für den Haplotyp ist 4,3 1,2 11,5 7,4 Warum werden die 11 und 5 neu angeordnet, wenn er seine sagt Haplotyp? Das ist so ziemlich das einzige, was mich noch verwirrt.
Ich denke, das soll bedeuten, dass sich 4, 1, 11 und 7 auf einem seiner Chromosomen befinden, aber ich habe es noch nie so geschrieben gesehen (oder ich erinnere mich nicht daran). Ich bin mir auch nicht sicher, wie Sie in diesem Fall die elterlichen Haplotypen herausfinden können. Sie können herausfinden, welche Allele von jedem Kind von jedem Elternteil geerbt werden (die Kind-Haplotypen), aber ich glaube nicht, dass dies Ihnen die Eltern-Haplotypen geben würde, es sei denn, Sie gehen davon aus, dass keine meiotische Rekombination auftritt. (eta: Ich habe das Problem noch nicht gelöst)

Antworten (1)

Definition von Haplotyp

Das Konzept des Haplotyps unterliegt standardmäßig mehreren Definitionen, die sich hauptsächlich durch ihre zu verstehende Komplexität und ihre Spezifität unterscheiden, aber verschiedene Definitionen unterscheiden sich manchmal auch geringfügig in ihrer Bedeutung.

In einfachen Worten ist das Konzept ziemlich einfach. Ein Haplotyp ist ein Porte-Manteau-Wort des haploiden Genotyps und bezieht sich auf die Hälfte des Genotyps.

Was die Frage fragt

Die Frage stellt sich Here is half of the genotype of the child, what do you expect the other half to be?. Beachten Sie jedoch, dass für die letzten beiden Marker der erste Haplotyp nicht angegeben ist, sodass hier nur nach den Genotypen gefragt wird, wodurch die Frage meiner Meinung nach etwas schlecht formuliert ist.

Der Antwortschlüssel

Die Antwort betrifft den Vater, was dumm ist, da es um das Kind geht. Die von Ihnen angegebene Antwort beantwortet die Frage also definitiv nicht.

Die Antwort

Wir müssen Marker für Marker betrachten, um die Frage zu beantworten, und sie dann alle zusammen betrachten, um den Haplotyp zu rekonstruieren. In Ermangelung von Informationen zu diesem Thema gehen wir davon aus, dass die Marker völlig unabhängig sind (unverknüpft, eventuell auf verschiedenen Chromosomen). Wir werden auch keine Mutation annehmen (wahrscheinlich ohnehin vernachlässigbar) und wir nehmen keine verrückte Art von Vererbung an, wie etwa einige egoistische Elemente. Sie werden auch feststellen, dass Informationen über das erste Kind nichts über das zweite Kind aussagen.

Markierung A

Das erste vererbte Allel stammt notwendigerweise von der Mutter und daher muss das zweite Allel vom Vater stammen. Folglich ist das zweite Allel mit gleicher Wahrscheinlichkeit entweder 3 oder 4.

Markierung B

Das erste vererbte Allel stammt notwendigerweise vom Vater und daher muss das zweite Allel von der Mutter stammen. Folglich ist das zweite Allel mit gleicher Wahrscheinlichkeit entweder 1 oder 4.

Markierung C

Die vier möglichen Genotypen sind [5,7], [5,11], [11,7] oder [11,11], die alle mit gleicher Wahrscheinlichkeit auftreten. Dies bedeutet, dass für Marker C bei einem Haplotyp die Wahrscheinlichkeit, 5 oder 7 zu sein, beträgt 1 4 und die Wahrscheinlichkeit, 11 zu sein, ist 1 2 .

Markierung D

Die vier möglichen Genotypen sind [4,7], [4,8], [7,7] oder [7,8], die alle mit gleicher Wahrscheinlichkeit auftreten. Das bedeutet, dass für Marker D bei einem Haplotyp die Wahrscheinlichkeit 4 oder 8 beträgt 1 4 und die Wahrscheinlichkeit, 7 zu sein, ist 1 2 .

Ganzer Haplotyp

Aus dem Obigen können Sie alle möglichen Haplotypen berechnen und den am wahrscheinlichsten auftretenden berechnen. Allerdings gibt es einige Bindungen. Die wahrscheinlichsten Genotypen sind (3,1,11,7), (3,4,11,7), (4,1,11,7) und (4,4,11,7), die mit Wahrscheinlichkeit auftreten könnten ( 1 2 ) 4 = 1 16 .

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