Was ist ein genetischer Marker bei der DNA-Sequenzierung und -Analyse? Ich habe gehört, dass Mikrosatelliten genetische Marker sind? Das sind repetitive Basenstränge wie GCAGCAGCAGCA usw. Warum sind sie Marker und was definiert einen genetischen Marker?
Es gibt viele verschiedene Arten von genetischen Markern, wie sie von Wikipedia, RFLP, SNP und vielen mehr definiert werden. Aber wenn Sie diese anklicken, erhalten Sie eine Technik, keine Sequenz. Ich bin also verwirrt, ob Marker Techniken zum Auffinden von DNA-Sequenzen sind oder ob sie buchstäblich DNA-Sequenzen sind? Wenn es sich buchstäblich um DNA-Sequenzen handelt, sind es dann Sequenzen, die jeder hat? Beispiel für RFLP:
In der Molekularbiologie ist der Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus oder RFLP (allgemein ausgesprochen „rif-lip“) eine Technik, die Variationen in homologen DNA-Sequenzen ausnutzt.
Wie hello_there_andy (und auch die Wikipedia-Seite) angegeben hat, sind genetische Marker DNA-Sequenzen, die zur Unterscheidung von Individuen verwendet werden können (es können auch Gewebe, Zellen usw. sein).
Die Verknüpfung eines Phänotyps mit genetischen Markern wird verwendet, um Regionen des Genoms zu identifizieren, die wahrscheinlich ursächlich für diesen Phänotyp sind, wie hello_there_andy sagt, aber es gibt nichts inhärent an der Auswahl eines Markers, der besagt, dass er mit einem Phänotyp verknüpft sein muss. Marker werden normalerweise für eine Analyse ausgewählt, weil sie leicht zu messen und zu verfolgen sind, Individuen sich am Ort unterscheiden (Sie wissen also, dass es unwahrscheinlich ist, dass Ihr interessierender Phänotyp zufällig mit dem Marker getrennt wird) und sie das Genom abdecken ( oder die Ihnen bereits bekannte Region des Genoms ist verlinkt) unter anderem passend.
Genetische Marker sind DNA-Sequenzen, die dazu neigen, zusammen mit einigen biologischen Eigenschaften in einer Population aufzutreten.
Stellen Sie sich zB vor, Sie haben 200 Individuen in einer Population. 100 Individuen haben eine Sequenz GGGCCCGGGCCC an irgendeinem Locus (Position auf dem Genom), und diese 100 Individuen haben blaue Augen. Die restlichen 100 Personen haben AAATTTAAATTT am selben Ort und haben zufällig andere Augenfarben (grün, braun usw.). Dann ist GGGCCCGGGCCC ein Marker für die biologische Eigenschaft „blaue Augen“.
Andere biologische Eigenschaften mit assoziierten Markern können die folgenden umfassen: (i) Prädisposition für eine bestimmte Krankheit, zB Alzheimer, (ii) hohe Intelligenz, (iii) und sogar das Vorhandensein eines anderen Gens, das heißt, Sie können Marker für das Biologische haben Eigenschaft, die "Vorhandensein von Gen X" ist.
Oft stellt man fest, dass die Gene selbst Marker für bestimmte biologische Eigenschaften sind. Dies ist jedoch nicht offensichtlich, es sei denn, man sequenziert die gesamten Genome mehrerer Individuen einer Population, und dies ist teuer. Es ist billiger, sich auf das Screening nach Markern zu verlassen.
Sie müssen nicht immer einen Marker pro biologischer Eigenschaft haben, es können mehrere Marker über das Genom verstreut sein, die alle mit einer biologischen Eigenschaft assoziiert sind. Sie können auch einen Marker haben, der mehreren biologischen Eigenschaften zugeordnet ist .
Ein genetischer Marker ist per empirischer Definition etwas, das Sie eindeutig auf einer genetischen Karte platzieren können. Ein genetischer Marker kann ein Allel eines bekannten Gens sein, das entweder einen dominanten oder einen rezessiven Phänotyp verleiht. Alternativ könnte ein genetischer Marker entweder ein Restriktionsfragment-Längenpolymorphismus sein – dessen Segregation entweder durch einen Southern Blot oder ein PCR-Experiment nachgewiesen werden kann, oder ein Einzelnukleotid-Polymorphismus – dessen Segregation durch ein PCR-Experiment oder durch DNA nachgewiesen werden könnte Sequenzierung.
Wenn sich zwei genetische Marker nach einer genetischen Kreuzung unabhängig voneinander trennen, sagen wir, dass sie nicht verbunden sind – womit wir meinen, dass sie auf getrennten Chromosomen abgebildet sind. Wenn sich zwei genetische Marker nach einer genetischen Kreuzung (dh einer Paarung) nicht unabhängig trennen, dann sagen wir, dass sie verbunden sind – womit wir die Karte zu demselben Chromosom meinen.
Auch wenn man nichts über Chromosomen oder DNA weiß, ist es bei genügend genetischen Markern immer noch möglich, eine genetische Karte für einen Organismus zu erstellen. Von allen Markern, die so abbilden, als ob sie miteinander verknüpft wären, wird gesagt, dass sie eine "Verknüpfungsgruppe" bilden. Wenn genügend genetische Marker vorhanden sind, um alle Verknüpfungsgruppen zu identifizieren, entspricht die Anzahl der verschiedenen Verknüpfungsgruppen der Anzahl der Chromosomen (dies setzt eine Überkreuzung pro Chromosom während der Meiose voraus).
Es ist wichtig, sich daran zu erinnern, dass Chromosomen zytologisch nur mit einem Mikroskop gesehen werden können, typischerweise nach Fixierung und Färbung, während Kopplungsgruppen und genetische Karten keine Chromosomen benötigen oder auf ihnen beruhen. Eine genetische Karte, die aus verschiedenen genetischen Markern besteht, ist eine Abstraktion. In einigen Fällen kann ein genetischer Marker tatsächlich auf der physischen Karte eines Chromosoms platziert werden – zum Beispiel bei einer Spezies mit einem sequenzierten Genom – dies ermöglicht uns, die genetische Karte mit der physischen Karte (für diesen Ort) zu koordinieren.
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