Ich habe die Gensequenz einer Tonne von Individuen innerhalb einer Unterart von cdna und auch die ncbi-ID-Sequenz. Gibt es eine Möglichkeit, nur anhand der Sequenz festzustellen, dass das Gen für ein Individuum nicht oder nur teilweise funktionsfähig ist?
Im Allgemeinen nein. Es kann bestimmte Fälle geben, in denen Sie dies tun können, z. B. wenn es zu einem frühen Zeitpunkt ein Stoppcodon oder eine Frameshift-Mutation gibt oder jemand anderes Ihre genaue Variante gesehen und experimentell bewiesen hat, dass sie keine Funktion hat.
Aber im Allgemeinen können Sie die Funktion nicht allein anhand von In-silico -Daten vorhersagen .
Mit Programmen wie Sift oder Polyphen (nur für menschliche Proteine) ist es möglich, eine Vorhersage der durch eine Mutation verursachten Veränderung zu erhalten, aber dies sind nur grobe Schätzungen
Ich kenne Ihren Wissensstand nicht, daher mag Ihnen das sehr naheliegend erscheinen, aber...
Das Übersetzen in die sechs Rahmen gibt Ihnen einige Hinweise. Wenn die Sequenz degeneriert ist und voller Stoppcodons ist, dann ist sie nicht funktionsfähig.
Richten Sie die Sequenzen mit Mega oder AliView oder was auch immer aus und übersetzen Sie sie dann. Wenn es eine Frameshift-Mutation in Ihrer Sequenz gibt, wird sie innerhalb des Alignments sehr sichtbar und es besteht die Möglichkeit, dass die Sequenz nicht mehr funktionsfähig ist.
Finden Sie Informationen über die Domäne des Proteins in Pfam und sehen Sie sich die Ausrichtungen in der funktionellen Domäne genau an. Wenn ansonsten konservierte Reste mutiert werden, sollte dies eine Glocke läuten. (Da alle Ihre Sequenzen einander sehr ähnlich sein werden, möchten Sie vielleicht einige Sequenzen des Proteins anderer Spezies hinzufügen, damit Sie die aktiven Reste innerhalb einer Domäne leichter finden können.)