In Bezug auf die FTP-Site des NCBI

Ich versuche, Informationen über SNP-Daten vom FTP-Server von NCBI zu extrahieren. Kann mir bitte jemand erklären, wie das Verzeichnis aufgebaut ist? Es gibt viele, viele Dateien und Ordner und ich kann nicht herausfinden, welche was enthält. Gibt es eine Datei, die die Organisation der FTP-Site richtig erklärt? Das NCBI-Hilfshandbuch hat mir nicht viel geholfen, außer mir zu helfen, interessante Arten zu finden.

Ist das die Hilfe, von der Sie sprechen? Es ist vollkommen klar. Was kannst du nicht erkennen?
Nur ein Gedanke - es ist besser, Biopython oder eine andere Skriptbibliothek zu verwenden, um das zu bekommen, was Sie wollen, besonders wenn Sie versuchen, mehr als einen Gegenstand zu bekommen.

Antworten (1)

Abrufen von SNP-Daten von der FTP-Site von NCBI SNP:

Es ist eigentlich einfach, die Daten vom NCBI herunterzuladen, wenn Sie der in FAQ angegebenen Methode folgen (wie von @WYSIWYG angegeben).

Schritt 1:

Gehen Sie zum FTP-Organismus: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/snp/organisms/

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Schritt 2

Öffnen Sie Ihren gewünschten Organismenordner:

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Von hier aus können Sie jede gewünschte Datei herunterladen. Wenn Sie versuchen, den gesamten Organismus zu studieren, laden Sie bitte einen der gesamten Ordner herunter (ASN.1, rs_fasta, XML (empfohlen)).

Jetzt,

Es geht nicht um das Herunterladen, sondern um das Verständnis der bereitgestellten Dateien.

Dateitypen:

Alle enthalten fast die gleichen Daten, nur in unterschiedlichem Format. Es liegt an Ihnen, wie Ihr Skript (vorzugsweise Python oder Perl) funktioniert, um die Importinformationen herauszubekommen.

Andere Möglichkeit zum Herunterladen von NCBI FTP :

Sie können immer filezilla verwenden:

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

In Bezug auf die FTP-Site des NCBI
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