Was ist genau genommen die Definition von cDNA? Das verwirrt mich, da es sich normalerweise auf DNA bezieht, die zu mRNA komplementär ist. Ist das richtig? Ist es auf reife mRNA beschränkt?
Ich finde die Richtung auch sehr verwirrend. So wie ich es verstehe, hat mRNA eine Sequenz, die dem sogenannten "codierenden Strang" der DNA entspricht (weniger Introns, nach dem Spleißen). Bedeutet dies, dass aus mRNA hergestellte cDNA, zumindest vor der Behandlung mit einer DNA-Polymerase, auch komplementär zur ursprünglichen genomischen DNA ist? Ist dies die bessere Definition (ich habe auch gesehen, dass dies verwendet wird, obwohl die erste Definition weitaus häufiger zu sein scheint).
Schließlich hat jedes Chromosom, wie ich es verstehe, einen Vorwärts- und einen Rückwärtsstrang, die durch Konvention definiert sind, aber dass der "codierende" Strang eines bestimmten Gens zufällig ist. Dies scheint kontraintuitiv zu sein ... liegt es nur daran, dass beide Stränge gleichwertig sind? Führt es zu Komplikationen in Bezug auf das „Wissen“ der Zelle, welcher Strang der kodierende Strang für ein Gen ist?
Die am meisten positiv bewertete Antwort auf diese Frage ( http://www.biostars.org/p/3423/ ) verwirrte mich noch mehr. Ich fühle mich in den Antworten genauso wie 'Onefishtwofish'. Kann jemand klären?
Das ist eine gute Frage und hat mich auch verwirrt.
Eine Standarddefinition von cDNA ist, dass sie ein doppelsträngiges (ds) Produkt von reifer mRNA ist. Ich nehme an, es ist möglich, einen entstehenden RNA-Strang in cDNA zu kopieren, aber ich habe noch nie davon gehört.
Da cDNA dsDNA ist, wird der ursprüngliche Strang aus Ihrer mRNA als komplementärer Strang hergestellt, aber dann entsorgen Sie die RNA und stellen den zweiten Strang her, um ein stabiles, reproduzierbares Molekül zu erhalten. Das gesamte dsDNA-Molekül ist das, was wir als cDNA bezeichnen (kein Einzelstrang dieses Materials).
Betrachten Sie dieses vereinfachte DNA-Molekül:
ATG-INTRON-CTCTAG
TAC-INTRON-GAGATC
diese könnte in folgende mRNA (entsprechend Met-INTRON-Leu-Stop) transkribiert werden:
AUG-INTRON-CUCUAG
vor dem Kernexport wird das Intron entfernt, wodurch reife mRNA entsteht:
AUGCUCUAG
Sie machen cDNA daraus:
ATGCTCTAG
TACGAGATC
Sie haben also sowohl einen codierenden als auch einen komplementären Strang in Ihrer cDNA.
Was die Richtung auf dem Chromosom betrifft, können Gene in beide Richtungen verlaufen (was bedeutet, dass sie jeden Strang als codierenden Strang verwenden können), aber denken Sie daran, dass die Kräfte, die zur Transkription beitragen, nur lokal bestimmt sind (Zusammenbau von Transkriptionsfaktoren usw.) und sich auszahlen keine Rücksicht darauf, in welche Richtung sie gehen oder in welche Richtung sie sich relativ zu irgendeinem anderen Gen begeben. Die Stränge sind mit positiv und negativ beschriftet, aber das ist nur ein Hinweis zur Orientierung. Ein guter Ort, um das Genom des Menschen (oder anderer Arten) zu durchsuchen, ist der Kartenbetrachter des NIH . Klicken Sie auf ein Chromosom, um die darauf abgebildeten Gene anzuzeigen. Beachten Sie, dass die Spalte mit der Bezeichnung „O“ zur Orientierung dient.