Y adaptiert verschiedene Sequenzen, die an die 5'- und 3'-Enden jedes Moleküls in einer Bibliothek angelagert werden sollen.
Die Arme des Y sind einzigartig, und der mittlere Teil, der mit dem DNA-Fragment verbunden ist, ist komplementär.
Was sind die Vorteile davon?
Meine Meinung dazu über vollständig komplementäre Adapter (ADAPTER1 - - - - - ADAPTER1) ist folgende:
- Beim Primer-Annealing würde der Primer wiederum an den Anfang UND das Ende des DNA-Fragments binden und somit die Synthese nicht bis zum Ende zulassen. Daher hätte der nächste Primer keine Matrize, um am Anfang des Fragments zu binden ...
Y-förmige Adapter ermöglichen auch Paired-End-Sequenzierung. Fragmente haben an beiden Enden eine einzigartige Sequenz, die es dem ersten "Lauf" ermöglicht, eine Seite aller Moleküle zu sequenzieren, dann die Rückseite zu synthetisieren und diese zu sequenzieren.
Bin ich auf dem richtigen Weg?
Wenn Sie zwei eindeutige Adapter benötigen, z. B. A und B, an beiden Enden unbekannter Insert-Sequenzen, ist die kohäsive Endligation normalerweise schwierig, da die Insert-Sequenzen "unbekannt" sind. Sie müssen also eine stumpfe Adapterligation in einer Reaktion durchführen, die unbekannte Inserts + Adapter A + Adapter B enthält. Dies kann zu 3 möglichen Versionen des Insert-ligierten Produkts führen: A-Insert-A, B-Insert-B und A -insert-B , unter denen nur A-insert-B das einzige gewünschte Produkt ist.
1) Die Ligation von A-Schwanz-Einsätzen mit Y-Adaptern ergibt 100 % A-Einsatz-B .
2) Lassen Sie uns nun dem Insert eine Richtung zuweisen – sagen wir von Base 1 zu Base 400. Nach der Ligation des Y-Adapters haben Sie 2 Arten von Insert-ligierten Produkten pro Insert: A-Insert (1-->400)-B und A-Insert(400-->1)-B , die beide sehr nützlich sind. Jeder erstellt einen separaten klonalen Cluster, und Sie erhalten Sequenzinformationen, die sowohl bei Base 1 als auch bei Base 400 des Inserts beginnen, da das Instrument bei der Single-Read-Sequenzierung immer Sequenzen von Adapter A verwendet. Sie müssen jedoch wissen, dass diese beiden Sequenzen dazugehören das gleiche Insert, muss man Paired-End-Sequenzierung durchführen.
Alan Boyd