DNA-Gehalt in Pflanzensamen vs. Fruchtfleisch

Es hängt von den Samen und Früchten ab, von denen Sie sprechen.

Die DNA-Menge in Ihrer zerkleinerten Probe von Pflanzenmaterial hängt nur von einer Sache ab – wie viele Zellen in Ihrer Probe sind. Schauen Sie sich dieses Diagramm eines Maiskorns ( U of Indiana ) an:

In jedem Bereich gibt es unterschiedliche Zelldichten - im Endosperm können die Zellen riesig sein (und haben daher im Vergleich zum Embryo eine geringere DNA-Dichte).

Schauen wir uns ein gefärbtes Senfkorn an ( U of London ):

Wie Sie sehen können, sind die Zellen hier sehr dicht. Dichter bedeutet mehr DNA pro Probeneinheit .

Für Obst gilt die gleiche Faustregel. Verner, 1938 zeigt eine coole Histologie von Apfelgewebe, die Ihnen eine Vorstellung von der Zelldichte in Fruchtgewebe geben könnte (wieder wird es in verschiedenen Früchten unterschiedlich sein - suchen Sie nach, "fruitname histology"wenn Sie interessiert sind).

Aber jetzt, wo wir über Dichte gesprochen haben, müssen wir tatsächlich darüber nachdenken, die DNA herauszuholen. Der Extraktionsprozess ist im Hinblick auf Ihren Endertrag tatsächlich viel wichtiger.

Viele Pflanzensamen enthalten Polyphenole, die einen DNA-Abbau verursachen können. Dieses Protokoll ( Cornell U ) beschreibt viele der möglichen Mängel:

Es wurde auch berichtet, dass diese Verbindungen bei anderen Pflanzenarten Schwierigkeiten bei der DNA-Reinigung verursachen; Polysaccharide (Murray und Thompson, 1980; Fang et al., 1992); polyphenolische Verbindungen (Katterman und Shattuck, 1983; Couch und Fritz, 1990; Howland et al. 1991; Collins und Symons, 1992); und klebrige und harzige Materialien (Webb und Knapp, 1990).

Diese Kontaminanten können DNA abbauen, machen sie aber auch unbrauchbar bei der PCR-Amplifikation und dem Endonuclease-Verdau ( Kim et al. 1997 , Cornell U. , EPICENTER Biotechnologies ).

Insgesamt gibt es durchaus artspezifische Unterschiede im DNA-Gehalt von Frucht-/Samenpflanzen. In der Praxis ist jedoch der wichtigste Faktor für die DNA-Ausbeute und -Lebensfähigkeit für zukünftige Experimente die Probenreinheit und -kontamination. Bestimmte Früchte und Samen können eine oder mehrere der oben genannten Verunreinigungen enthalten, daher ist die Antwort auf "Samen oder Früchte?" hängt definitiv von der Pflanzenart ab, mit der Sie arbeiten.