Ist es möglich, einzelne DNA-Stränge in Lösung zu erhalten? [geschlossen]

In einem typischen PCR-Protokoll gibt es meist einen Denaturierungsschritt , siehe zB hier , der genau diesem Zweck dient: Die Stränge werden thermisch getrennt (typischerweise bei 95 °C für wenige Sekunden). Wie Sie sehen können, ist dies ein sehr häufiger Vorgang, aber die Stränge bleiben nur denaturiert, wenn sie bei hohen Temperaturen gehalten werden.

Die Strangtrennung bei Raumtemperatur in normalen Pufferlösungen wird sehr schwierig sein, da das Annealing (der entgegengesetzte Prozess, bei dem sich zwei komplementäre Stränge paaren) thermodynamisch günstig ist. Eine dauerhaftere Trennung könnte durch Auflösen von DNA in bestimmten Lösungen erreicht werden, wie hier beschrieben , wo DMSO besonders wirksam zu sein scheint. Dies führt bei Raumtemperatur zu getrennten Strängen, aber beide Stränge werden eindeutig noch vorhanden sein. Man könnte darüber nachdenken, die beiden mit verschiedenen Methoden ( z. B. HPLC) zu trennen, aber ich bezweifle, dass diese Lösungen mit normalen HPLC-Säulen kompatibel sind.

Ich habe diese Antwort hinzugefügt, weil der Kommentar zur akzeptierten Antwort darauf hindeutet, dass sie daran interessiert sind, getrennte Stränge einer dsDNA zu isolieren.

Einzelsträngige DNAs können durch Polyacrylamid-Gelelektrophorese von denaturierter dsDNA getrennt werden.

Die Endmarkierung von dsDNA mit anschließender Strangtrennung war eine Schlüsseltechnik bei der Sequenzierung von DNA nach dem Maxam-Gilbert-Verfahren (chemische Sequenzierung). Die folgende Abbildung ist diesem Papier entnommen .

Für dieses Experiment wurden dsDNA-Fragmente endmarkiert (radioaktive Markierung), dann wurden die Stränge durch Erhitzen auf 65°C in 10 M Harnstoff getrennt. Die Probe wurde schnell abgekühlt und dann auf ein Polyacrylamidgel aufgetragen. (Da die beiden dsDNA-Stränge normalerweise unterschiedliche Basenzusammensetzungen haben, werden sie während der Elektrophorese aufgelöst.) Die DNA-Banden wurden dann durch Autoradiographie sichtbar gemacht. Wie in der Veröffentlichung erklärt, ist das Fehlen einer zweiten Bande für das 165-bp-Fragment ein Artefakt des Markierungsverfahrens (dh ein Strang war nicht markiert und die sichtbare Bande war ssDNA). Wie Sie sehen können, wurden mit dieser Methode einzelne Stränge bis auf das kleinste Fragment aufgelöst. Nach der Trennung können diese ssDNAs aus den Gelscheiben isoliert werden.

Ich glaube jedoch nicht, dass diese Methode für große DNAs nützlich wäre, da das Gel sie nicht gut genug auflösen würde.