Open-Source-Software für die medizinische Bildverarbeitung

Kann jemand freundlicherweise eine Open-Source-Software / Anwendung vorschlagen, die von Forschern / Ärzten / Praktikern in Krankenhäusern / Kliniken verwendet wird, um Patienteninformationen zu visualisieren?

Ein Beispiel ist FreeSurfer, eine Anwendung zur Analyse von Gehirnbildern.

Ich bin daran interessiert, die Namen solcher Anwendungen zu kennen, die in dieser Community weit verbreitet sind und einen Scan / Bilder von Patienten als Eingabe akzeptieren und eine detaillierte Visualisierung erzeugen können. Die Anwendungen müssen nicht nur für das Gehirn spezifisch sein.

Es sollte erwähnt werden, dass viele solcher Daten in FITS-Dateien gespeichert werden.
Bitte bearbeiten Sie Ihre Frage und beschreiben Sie gescannte Bilder der Patienten . Wie Ihre Frage jetzt lautet, könnte es sich um einen beliebigen Bildtyp handeln, und die Frage ist kaum "medizinisch".

Antworten (1)

Ich schlage vor, einen Blick auf MedPy zu werfen , eine kostenlose Open-Source-Reihe von Python-Bibliotheken und Befehlszeilentools für die Arbeit mit medizinischen Bildern.

Um zu zitieren: MedPy ist eine Bibliothek und Skriptsammlung für die medizinische Bildverarbeitung in Python, die grundlegende Funktionalitäten zum Lesen, Schreiben und Bearbeiten großer Bilder beliebiger Dimensionen bereitstellt. Seine Hauptbeiträge sind n-dimensionale Versionen beliebter Bildfilter, eine Sammlung von Bildmerkmal-Extraktoren, die mit scikit-learn verwendet werden können, und ein umfassendes n-dimensionales Graph-Cut-Paket.

Es ist auf Linux-Systeme ausgerichtet, aber es gibt auch Docker-Container, die Ihnen einen schnellen Einstieg ermöglichen.

Ein möglicher Viewer, abgesehen von den verschiedenen Python-Visualisierungstools, ist itksnap , der ebenfalls Open Source ist und unter Windows, OS-X und Linux läuft.

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Stefan, danke für deine Antwort. Kann ich freundlicherweise um Erläuterungen zu den folgenden Fragen bitten? a) Wie rechenintensiv ist die MedPy-Software selbst, um ein Bild zu verarbeiten und die Ausgabe zu generieren? b) Was ist die ungefähre Laufzeit für die Durchführung einer Bildanalyse unter der Annahme, dass die Software auf einem physischen Server mit Intel-Hardware mit 32 Kernen und 64 GB RAM gehostet wird? c) Ist die MedPy-Software multithreaded? d) Welche unterschiedlichen Analysearten unterstützt die Software? Zum Beispiel Gehirnbilder.
a) & b) es hängt von der Größe, dem Format und der Komplexität der Datei und der erforderlichen Ausgabe ab, c) ich glaube schon & d) alles, was Sie sich vorstellen können, aber in einigen Bereichen ist bereits mehr Arbeit verfügbar. Das ist die Natur von Open-Source-Software - die beteiligten Personen neigen dazu, die Bereiche zu verbessern, auf die sie sich spezialisiert haben.
Open-Source-Software für die medizinische Bildverarbeitung
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