Ich habe zwei Listen von Proteinen (einschließlich phosphorylierter Formen). Ich möchte bestimmen, welche Mitglieder jeder Liste auf welche Mitglieder der anderen Liste wirken. Welche Online-Ressourcen gibt es, um herauszufinden, was ein bestimmtes Protein bindet oder womit es anderweitig interagiert?
Mir sind Uniprot und Phosphosite bekannt , die sich als nützlich erwiesen haben, aber ich frage mich, ob es noch andere gibt, die mir nicht bekannt sind.
Nochmals: Die Frage, die ich zu beantworten versuche, lautet: "Welche Proteine aus Liste A interagieren mit Proteinen aus Liste B und umgekehrt?"
Gehen Sie zur NAR-Datenbankseite und suchen Sie nach Datenbanken für Proteindomänen. Sie haben mehrere Möglichkeiten. Hier ist der Link .
STRING ist ein verfügbares Tool http://string-db.org/ und ermöglicht es Ihnen, mehrere Sequenzen/Namen zu erstellen. Ich würde mir auch genauer ansehen, was expasy zu bieten hat http://www.expasy.org/proteomics . Es ist eine große Sammlung von Bioinformatik-Werkzeugen (viel zu viele für mich, um sie durchzugehen) und hat fast immer das Werkzeug, das Sie wollen.
(Als Nebenbemerkung hat Expasy auch Werkzeuge in Genomik, struktureller Bioinformatik und vielem mehr, überprüfen Sie die linken Registerkarten auf der Website für die vollständige Liste!).
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