Ribosomale RNA-Menge in einer Drosophila-Zelle

Ich isoliere RNA aus dem Gehirn von Drosophila-Larven mit der TRIzol- Methode. Wie viel Prozent der extrahierten RNA wird ribosomale RNA sein? Ich interessiere mich nur für mRNA, also versuche ich herauszufinden, ob ich rRNA loswerden muss. Vielen Dank

Prozent wovon ? Gesamtzellmasse/-volumen? Von gesamten RNA-Einheiten? Von Gesamtnukleinsäuren?
Verhältnis von ribosomaler RNA zur Gesamt-RNA, wenn ich es anders formuliere.
OK, bitte ändern Sie Ihre Frage in etwas wie "Ich extrahiere RNA mit MethodeX, wie viel Prozent der extrahierten RNA wird ribosomal sein? " Die Prozentsätze hängen auch von der Methode ab, die zum Extrahieren der RNA verwendet wird.

Antworten (1)

Das von Ihnen verwendete Protokoll hinterlässt in der Probe nicht nur rRNA, sondern auch nicht kodierende RNA.

Viele RNA-Protokolle trennen mRNA nach der Affinität eines Trägers zum polyA-Schwanz . Dieses Protokoll verweist auf ein älteres Papier, das schätzt, dass nur 5 % der RNA mRNA ist . Ich wäre überrascht, wenn sich dieses Verhältnis bei Drosophila um mehr als das 2-3-fache ändern würde.

Ich gehe davon aus, dass der Prozentsatz auf das Gewicht bezogen ist, aber es könnte sich um eine densitometrische Messung handeln, die ähnlich interpretiert wird.

Vielen Dank! Als nachfolgende Frage: Glauben Sie, dass eine große Menge an rRNA meine nachgelagerten Experimente wie RT-qPCR beeinflussen wird? Ich interessiere mich nur für mRNAs.
Ich habe keine qPCR gemacht. Ich würde nicht zögern, mehrere Standardprotokolle zu vergleichen, um eine bessere Probe zu erhalten. Wenn Sie sich ein paar qPCR-Protokolle ansehen, haben Sie recht, ich sehe nur Triazol-Präparate verwendet. PCR ist ziemlich effizient, solange die Primer spezifisch sind. Ein paar weitere Hausaufgaben vor dem Experiment werden dir nicht schaden :)
Ribosomale RNA-Menge in einer Drosophila-Zelle
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