Seit einem Monat verwende ich Gitit für diesen Zweck. Dieser Link führt zu einer Live-Demo, wo Sie es ausprobieren können. Es erfüllt alle Ihre Anforderungen:

1. Es ist ein Wiki, also können Sie ganz einfach Links zwischen Seiten erstellen.
2. Es basiert auf Pandoc, das TeX versteht und MathJax verwendet, um es zu rendern (technisch gesehen rendert es eine Teilmenge von TeX, aber es ist eine ziemlich umfangreiche Teilmenge).
3. Es ist eigentlich ein Git-Repository, in das Sie alles hochladen können, was Sie möchten. Oder stellen Sie Ihre Zahlen einfach ins Internet (über Figshare oder einen öffentlichen Dropbox-Link) und verlinken Sie sie.
4. Gleich wie 3.
5. Auch hier ist es Git.
6. Es ist Open Source: https://github.com/jgm/gitit

Als Bonus können Sie es öffentlich im Internet veröffentlichen, wenn Sie möchten (oder es einfach lokal auf Ihrem Computer ausführen). Ich betreibe es auf einem internen Server an meiner Universität und meine Studenten und Postdocs verwenden es. Daher ist es auch eine bequeme Möglichkeit, Informationen auszutauschen.

Zum Hochladen und Kommentieren von Arbeiten verwende ich mendeley . Um meine Zitate zu organisieren, verwende ich citeulike , das für die Generierung von Bibtex-Einträgen praktisch ist. Ich verwende Jabref auch lokal auf meinem Computer, um meine Papiere zu verwalten.

Ich interessiere mich auch für numerische Simulationen und füge meine Ergebnisse im Allgemeinen in Latexdokumente (Figuren und alles) ein, da ich sie schließlich in einem Latexformat für meine Dissertation benötige! Außerdem spare ich so Zeit!

Hast du es mal mit Google Notizbuch versucht ? Ich habe es seit mindestens 3 Jahren nicht mehr benutzt, daher weiß ich nicht genau, wie gut es jetzt ist.

Viel Glück!

Org-Modus

Ich verwende den Org-Modus , um meine Forschung zu organisieren und zu verfolgen. Es ist ein Hauptmodus von Emacs, der die meisten Ihrer Anforderungen zu erfüllen scheint. Die .org-Dateien sind Klartext, der vor Aufblähen schützen soll und Ihnen überall Zugriff darauf ermöglicht, selbst wenn Sie keinen Emacs- oder Org-Modus zur Verfügung haben.

Verlinkung zu früheren Experimenten/Seiten

Der Organisationsmodus bietet Verknüpfungsmöglichkeiten zu jedem Dateityp sowie zu bestimmten Stellen in einem Dokument.

Latexgleichungen

Der Org-Modus unterstützt nicht nur LaTeX-Gleichungen, sondern auch eine Reihe von Programmiersprachen über org-babel . Sie können die Codeblöcke in Ihre .org-Datei einfügen.

Hochladen von Papieren oder anderen URLs.

Da es sich nur um eine Textdatei handelt, kann diese Art von Verhalten durch den Verknüpfungsmechanismus erreicht werden. Die Links können zu anderen Dokumenten/Papieren auf Ihrem Computer oder zu URLs führen. Beim Aufrufen einer URL im Org-Modus wird Ihr Browser mit dem angeforderten Link geöffnet.

Daten übertragen können.

Ich bin mir nicht sicher, wonach Sie hier suchen. Der Org-Modus hat einen netten eingebauten Tabelleneditor mit automatischer Anpassung der Spaltenbreite und etwas Tabellenverhalten. Wenn Sie die eigentlichen Daten nicht in der .org-Datei haben möchten, können Sie die Daten jederzeit verlinken. Wenn Sie Daten direkt in die Datei importieren möchten, verfügt der Org-Modus über eine Funktion org-table-import, die TAB- oder Leerzeichen-getrennte Daten in eine Org-Tabelle parst.

Datierung und Versionskontrolle

Ich verwende den Org-Modus, um meine Zeit zu verfolgen, die ich für verschiedene Forschungsthemen aufgewendet habe. Sie können die Überschriften im Organisationsmodus so einstellen, dass sie sich wie TODO-Listen mit mehreren Zuständen verhalten, und ihnen Zeit zuweisen. Die meisten Überschriften beginnen als TODO, wechseln zu STARTED, wenn ich sie stempele, und dann kann ich sie auf FERTIG aktualisieren, wenn ich fertig bin. Es kann auch Berichte basierend auf Ihrer erfassten Zeit erstellen. Zum Beispiel verwende ich einen integrierten Bericht für die letzte Woche, um wöchentliche Forschungsaktualisierungen zu generieren.

Ich kümmere mich um meine Versionskontrolle und Verteilung über Dropbox, aber da es sich bei den Dateien um Klartext handelt, sollte jedes Versionskontrollsystem, mit dem Sie vertraut sind, gut funktionieren.

Open-Source-Tool

Der Org-Modus ist Open Source.

Der Org-Modus kann auch so eingestellt werden, dass Inline-Bilder angezeigt werden. Obwohl die eigentliche .org-Datei für VCS im Klartext bleibt, können Sie beim Öffnen der Datei im Org-Modus die Bilder anzeigen und entsprechend kommentieren.

Während die .org-Dateien selbst reiner Text sind, verfügt der Org-Modus über eine Reihe von Exportoptionen, darunter LaTeX, PDF, HTML, DocBook, OpenDocument und andere. Wenn Sie also Ihr Recherche-Notizbuch in etwas optisch ansprechenderes als eine reine Textdatei verwandeln möchten, gibt es viele Möglichkeiten. Ich würde dieses Papier für eine gute Beschreibung dessen empfehlen , was der Org-Modus in einer Forschungsumgebung leisten kann.

Der Nachteil ist, dass es sich um einen Modus für Emacs handelt. Wenn Sie Emacs noch nicht verwenden, hat es eine steile Lernkurve und kann umfangreiche Anpassungen erfordern, damit die Dinge genau so laufen, wie Sie es möchten. Der Org-Modus und AUCTeX (der LaTeX-Modus von Emacs) sind die Gründe, warum ich die Zeit damit verbracht habe, die Arbeit mit Emacs zu lernen, und ich wurde nicht enttäuscht. Wenn Sie jedoch etwas schnell zum Laufen bringen möchten (und noch nicht mit Emacs vertraut sind), ist dies möglicherweise nicht die beste Option.

Schauen Sie sich die von GitHub gehosteten Blogs mit dem Namen „jekyll“ an: -http://jekyllrb.com/ -https://github.com/mojombo/jekyll (Beispielseiten finden Sie auf der Registerkarte Wiki) -Einfacher Einstieg: Verwenden Sie jekyll Bootstrap oder Octopress

Jekyll ist nur ein Haufen Code, der es einfach macht, Dinge zu haben, die Sie in Blogs/Labornotizbüchern haben: Tags, Paginierung usw.

Einige coole Dinge sind, dass es kostenlos, Open Source, versioniert ist, Bilder/Papiere/usw. verarbeitet und Kommentare integrieren kann (ich benutze Disqus).

Es erfordert eine gewisse Lernkurve gegenüber anderen Blog-Plattformen, aber es lohnt sich.

Ich persönlich verwende VoodooPad , das im Grunde ein persönliches Wiki ist, in Verbindung mit LaTeXiT für Latexgleichungen. Ich habe festgestellt, dass es sehr gut funktioniert; Sie können viele Dinge darin aufbewahren, einschließlich Papiere. Es ist alles textbasiert, sodass Sie mit Git oder was auch immer sichern können. Sie haben eine kostenlose Version. Nicht Open-Source.

Ich bin überrascht, dass niemand Evernote erwähnt hat . Sie behaupten, man könne überhaupt alles hineintun, und nach dem, was ich gesehen habe, stimmt das. Sicherung in der Evernote-Cloud. Kostenlos, nicht Open Source.

Anscheinend suchen Sie nach etwas wie http://figshare.com

Es ist Teil von Digital Science, das zur gleichen Unternehmensfamilie wie Nature Publishing gehört, aber ich kenne den Typen, der es leitet, und ich denke, er ist wirklich scharfsinnig und geht die Dinge richtig an.