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Während wahrscheinlich mehr Details benötigt werden, um eine genauere Vermutung anzustellen, klingt dies Wild Arms 4 sehr ähnlich :

Jude Maverick ist in einer isolierten Stadt namens Ciel aufgewachsen, die vollständig von einer großen Kugel eingeschlossen ist, die Tausende von Fuß über der Oberfläche von Filgaia schwebt. Seine geschützte Welt verändert sich für immer, als er sieht, wie der Himmel „zerreißt“ und Schiffe in sein Heimatland einlaufen.

Als er den von den Eindringlingen errichteten Campingplatz inspiziert, sieht er etwas anderes, das er noch nie zuvor gesehen hat: ein Mädchen.

Die Welt von Wild Arms 4 ist vom Krieg zerrissen und in Trümmern, mit Städten, die überall in klimatisierten „Sphären“ leben. Jede Sphäre ist vom Rest der Welt isoliert.

Hier ist der Wikipedia-Link sowie ein Screenshot: http://en.wikipedia.org/wiki/Wild_Arms_4

Das hört sich an, als könnte es sich um Custom Robo handeln .

Es war wahrscheinlich auf der PS2 oder dieser Konsolengeneration ...

Erschienen 2004 auf dem Gamecube, passt also in den beschriebenen Zeitrahmen.

Ich glaube, es war ein Rollenspiel aus Japan.

Ich fürchte, ich kann diesem Teil der Beschreibung nicht entsprechen - ich würde es als Arenakämpfer beschreiben, obwohl Wikipedia es ein Action-RPG nennt. Die Charakterdesigns und das Schreiben des Spiels haben jedoch manchmal ein bisschen ein „stereotypes JRPG“ -Gefühl, also habe ich gelegentlich Leute sagen hören, dass das Spiel an ein JRPG erinnert. Vielleicht könnte das die Diskrepanz erklären.

Das Setting wäre leicht futuristisch gewesen.

Überprüfen. Das Spiel findet in einer futuristischen Stadt statt, in der Roboter und andere fortschrittliche Technologien alltäglich sind.

Der Hauptprotagonist, ein junger Mann/Junge...

Überprüfen.

seine Stadt (die in einer Art Struktur abgeschieden war)

Die Stadt ist in einer riesigen Kuppel gebaut, siehe Bild unten.

Es ging um eine Stadt von Menschen, die das Stadtgelände nicht verlassen durften... Sie alle glaubten, dass die Welt eine Scheibe sei. Der Hauptprotagonist, ein junger Mann/Junge, durfte aus irgendeinem Grund die Stadt verlassen. Es wurde ihm offenbart, dass die Welt nicht flach war

In der Tat. Eine Regierungsverschwörung hat die Bevölkerung der Stadt davon überzeugt, dass die Kuppel, in der sie leben, die gesamte Ausdehnung der Welt darstellt und dass es kein nennenswertes „Draußen“ gibt. Bemerkenswerterweise wird das Element „Flat Earth“ ausdrücklich als Handlungspunkt im Spiel angesprochen: Der Spieler erfährt zuerst, dass etwas nicht stimmt, während einer humorvollen Szene, in der Sie gefragt werden, ob die Erde flach oder rund ist. Antwortest du „rund“, verspotten dich die anderen Charaktere, weil du in der Schule nicht aufgepasst hast.

Als er die Stadt verließ, wurde ihm klar, dass die Welt außerhalb seiner Stadt ... zerstört worden war. Die Außenwelt erinnerte an eine Welt im Fallout-Stil nach der Apokalypse ...

Überprüfen. Die Außenwelt (in der Tat mit genau diesem Namen bezeichnet) ist ein verwüstetes Ödland im Fallout-Stil.

... die andere Strukturen hatte wie die, in der sich seine Stadt befand.

Draußen gab es ein paar vergleichbar futuristische Gebäude, aber keine anderen Städte und nichts Ähnliches wie die Kuppel.

Insgesamt gibt es ein paar Bits, die nicht übereinstimmen, aber es passen genügend Elemente, dass es scheint, dass es ziemlich genau mit der Beschreibung der Frage übereinstimmt.

Es ist etwas älter als der von Ihnen angegebene Datumsbereich (es wurde für die ursprüngliche PlayStation veröffentlicht), aber Ihre Beschreibung erinnerte mich stark an Grandia .

Aus dem Wikipedia-Artikel:

Die Geschichte dreht sich um Justin (ジャスティン Jasutin?), einen aufstrebenden Abenteurer aus Parm unüberwindbare Steinmauer, die auf einem neu entdeckten Kontinent gefunden wurde – hat das Buch über das Zeitalter der Abenteuer geschlossen.