Nachdem ich ein Alignment mit bowtie2 und GRCh38 als Referenzsequenz durchgeführt hatte, erhielt ich ungewöhnliche Übereinstimmungen auf chrUn. Hier ein kleiner Teil der SAM-Datei :
@SQ SN:chr22 LN:50818468
@SQ SN:chrX LN:156040895
@SQ SN:chrY LN:57227415
@SQ SN:chrM LN:16569
@SQ SN:chrUn_KI270424v1 LN:2140
Alle anderen chrWerte sind mir klar (M gibt die mitochondriale DNA an, während 22, Y und X nur die übliche Chromosomennummer / der übliche Name sind), aber ich konnte nicht herausfinden, was chrUnfür steht und was mit diesem Code nach dem _?
Ich nehme an, chrUn_KI270424v1 bezieht sich auf ein Gerüst oder eine Sequenz, die noch keinem Chromosom zugeordnet wurde. Die Bezeichnung nach dem Un (unbekannt oder nicht zugeordnet?) kann sich auf eine bestimmte Einzelsequenz oder ein Gerüst beziehen. Sie können dies feststellen, indem Sie die Referenzsequenz und ihre Dokumentation untersuchen.
(Meine Vermutung basiert auf dem, was man in den verschiedenen Versionen von Drosophila- Referenzgenomen findet, mit denen ich vertraut bin. Daher kann ich Ihnen bei den Besonderheiten des menschlichen Genoms nicht helfen.)
Es ist für nicht zugewiesene Sequenzen. Siehe diese Referenz aus den häufig gestellten Fragen zum UCSC-Genombrowser: https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download11
skymningen
alec_dschinn
skymningen