Was ist die typische Anordnung amplifizierter Gene im Archaea-Genom?

Ich muss überprüfen, ob einige Gene mit bioinformatischen Werkzeugen amplifiziert werden, aber dazu muss ich wissen, was das aus biologischer Sicht bedeutet.

Es scheint nicht so schwer zu verstehen, tatsächlich ist die Definition von NIH einfach die folgende:

Genamplifikation ist eine Erhöhung der Kopienzahl einer Gensequenz. Krebszellen produzieren manchmal mehrere Kopien von Genen als Reaktion auf Signale von anderen Zellen oder ihrer Umgebung. Der Begriff kann sich auch auf die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) beziehen, eine Labortechnik, die von Wissenschaftlern verwendet wird, um Gensequenzen in einem Reagenzglas zu amplifizieren.

Meine Frage ist also: Wenn ich die vollständige DNA-Sequenz des Genoms des Organismus habe, das ich studiere (so ) , das zur Archaea-Domäne gehört, sollte ich zur Überprüfung auf Genamplifikation prüfen, ob die Sequenz des Gens ( dass ich vermute, dass es verstärkt wird) wird öfter wiederholt ?

Ich danke Ihnen im Voraus.

Könnten Sie einige Punkte präzisieren, um eine gezielte Frage zur Biologie statt zur Bioinformatik zu formulieren? (Natürlich ist eine Frage zur Bioinformatik akzeptabel, aber eine nach der anderen, wie diese Seite funktioniert. Die beiden sind getrennte Fragen.) Wenn Sie sagen, "wie Genamplifikation im Genom vorhanden ist", was meinen Sie damit? Meinen Sie, wie es mechanistisch auftritt oder welche Funktion es erfüllen kann? Und es wäre gut zu sagen, ob Sie an Prokaryoten (wie es scheint) oder Eukaryoten interessiert sind, weil die Situationen in den beiden Fällen ziemlich unterschiedlich sind.
@David ok, ich werde es korrigieren, aber mit "wie Genamplifikation im Genom vorhanden ist" meine ich, wie die Genom-DNA-Sequenz nach der Genamplifikation ist ... also interessiert es mich nicht, wie es mechanistisch auftritt oder welche Funktion es erfüllen kann (es sei denn, es ist erforderlich, um zu verstehen, was ich wissen möchte) ... sollte ich also in der Sequenz, die ich verlinkt habe, einfach die Sequenz eines Gens öfter finden, wenn es amplifiziert wurde?
Ich schätze die Sprachgebrauchsprobleme mit dem englischen Wort „how“ für Nicht-Muttersprachler (Französisch, Deutsch und Italienisch, eher als Spanisch, was meiner Meinung nach nicht allzu unterschiedlich ist). Die von Ihnen verwendete Verwendung erscheint logisch (= „Wie sind amplifizierte Gene im Genom angeordnet/entsorgt?“), wird aber nie verwendet. Ich würde vielleicht so etwas schreiben wie „Wie ist die typische Anordnung von amplifizierten Genen in Bakterien, insbesondere jene Merkmale, die man als Hinweis (oder Signaturen) für Amplifikation ansehen könnte?“. Es ist nicht mein spezielles Gebiet, oder ich würde antworten.
Vielen Dank @David für die Vorschläge

Antworten (1)

Sie fragen: "Sollte ich in der Sequenz, die ich verlinkt habe, einfach die Sequenz eines Gens mehrmals finden, wenn es amplifiziert wurde?"

Ja. Es gibt viele Möglichkeiten, sowohl natürliche als auch künstliche, um am Ende mehr Kopien eines bestimmten Gens oder bestimmter Gene zu erhalten, ohne dass die Anzahl der Kopien der anderen Gene in der Zelle proportional zunimmt. Somit gibt es keine allgemein erwartete Anordnung der amplifizierten Gene.

Ein Aspekt, über den man nachdenken sollte, sind die Kriterien zur Bestimmung, ob zwei gegebene Gene Kopien desselben Gens oder zwei unterschiedliche Gene sind.

Vielen Dank für Ihre Antwort, aber ich verstehe nicht, wenn Sie sagen: Ein Aspekt, über den man nachdenken sollte, sind die Kriterien zur Bestimmung, ob zwei gegebene Gene Kopien desselben Gens oder zwei unterschiedliche Gene sind , denn wenn sie dieselbe Sequenz haben, sollten sie es tun sicherlich gleich sein, oder?
Ich habe einen neuen Beitrag hinzugefügt, der sich nur auf die zweite Frage konzentriert. Wenn Sie also hier nachsehen möchten, biology.stackexchange.com/questions/101133/… können Sie besser verstehen, was ich meinte. Sorry für diese Sprünge :)
@Manuela Re: "Wenn sie die gleiche Sequenz haben, sollten sie sicherlich gleich sein, oder?" Richtig, aber viele (die meisten vielleicht) Prozesse, die eine Genamplifikation hervorrufen, führen zu Mutationen in einer oder mehreren Kopien, entweder sofort oder im Laufe der Zeit. Zum Beispiel kann ein dupliziertes Chromosomensegment anfänglich die gleichen Gene haben, aber ohne starke Selektion werden diese im Laufe der Zeit auseinander gehen. Vielleicht funktionieren die Kopien immer noch gleich, vielleicht auch nicht.
Danke ! Die Dinge sind viel komplizierter als ich dachte. Gibt es ein Kriterium, um festzustellen, ob es sich um Kopien desselben Gens handelt, wie Sie in der Antwort erwähnt haben? Und können Sie außerdem einige Bücher oder Materialien vorschlagen, die ausführlicher erklären, was Sie mir in der Antwort gesagt haben (also über die Tatsache, dass wir in der Genomsequenz verschiedene Kopien des duplizierten Gens sehen sollten)?
@Manuela Meine Perspektive ist die Genduplikation bei Säugetieren im Laufe der Evolutionszeit, daher würde ich ein Beispiel für so etwas wie "Evolution olfaktorischer Rezeptorgene im menschlichen Genom" doi: 10.1073/pnas.1635157100 und die Folgearbeit geben. Ihre Perspektive scheint viel kurzfristiger orientiert zu sein (und nicht eukaryotisch!), also so etwas wie "Bacterial gene amplification: Implikationen für die Evolution der Antibiotikaresistenz" Nat Rev Microbiol. 2009 Aug;7(8):578-88. doi: 10.1038/nrmicro2174 könnte für Sie interessanter sein.
Was ist die typische Anordnung amplifizierter Gene im Archaea-Genom?
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